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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS 用Dmol3时出现问题，求高手解答
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caijj09

木虫 (职业作家)

[求助] MS 用Dmol3时出现问题，求高手解答

再用MS 的Dmol3进行优化时，发现原子溢出，如图二所示（原始晶胞如图一所示），这是什么情况造成的？看了下outmol文件，发现有以下几个warning:

第一条：Warning: negative hessian eigenvalues    1 -0.00310819  1.38800247

第二条：Warning: center of gravity displacement      0.0000000      0.0000000      0.0000338


请问这个时候该怎么处理？

图一  原始晶胞



图二 优化后溢出的情况
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自强不息
1楼 2012-04-13 09:06:01
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安德

铁杆木虫 (著名写手)

** *_** ___ ***_ * _*

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
caijj09: 金币+5, ★有帮助, 谢谢虫友关心，还是不行啊 2012-04-14 14:49:19
caijj09: 金币+5, ★有帮助, 这个问题，暂时放下，你加我Q吧。在分子模拟方面，还想和你多交流。现在我基本掌握了固体表面吸附有机分子的模拟方法。所以，这个问题暂时搁下。 2012-04-16 23:18:42
对精度没有影响的，你算得怎么样？
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That'sit! Justdoit!
11楼2012-04-14 08:50:22
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 09:16:49
caijj09: 金币+5, ★★★很有帮助, 我重建了还是会这样，重复三次都是这种情况 2012-04-13 09:35:25
rebulid一下晶格应该就可以了吧，显示问题
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2012-04-13 09:09:25
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 10:16:48
caijj09: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢区长热心帮忙 2012-04-13 11:10:56
不会吧，rebulid应该不会还出现上面的情况，你把rebulid过程说一下
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
3楼2012-04-13 09:48:12
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caijj09

木虫 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-13 10:36:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-13 09:48:12:
不会吧，rebulid应该不会还出现上面的情况，你把rebulid过程说一下

按照以下路径进行操作

Build | Crystals | Rebuild Crystal。。。。
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自强不息
4楼2012-04-13 10:10:22
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