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liufeila

新虫 (小有名气)

[求助] 求CONTCAR转换成MS的.cif的程序以及原子坐标问题

如题:1.想让从MS中建立的模型经过VASP优化以后能够转化成.cif的文件,用MS看图, 觉得这样会准确一些。求程序。
         2.MS另存为CELL文件复制到POSCAR文件的坐标,有一部分原子不优化,想固定,这一部分原子怎么才能找到?POSCAR文件里面根本看不出。
      谢谢大侠们。
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zzy870720z

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liufeila: 金币+2, ★★★很有帮助, 多谢,很有帮助 2012-04-12 14:41:48
sunyang1988: 金币+2, 谢谢帮助 2012-04-13 12:14:57
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/
这里面有POSCAR转化为XYZ文件的脚本,可以使用

另外,站内也有很多资源
http://muchong.com/html/200911/1690400.html
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2012-04-12 14:34:55
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liufeila

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-12 14:34:55:
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/scripts/
这里面有POSCAR转化为XYZ文件的脚本,可以使用

另外,站内也有很多资源
http://muchong.com/html/200911/1690400.html

1. 下载附件中的getcif.pl文件,复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中。vtstscripts下载见 http://theory.cm.utexa ... ools/scripts/
2. 将脚本文件变成可执行文件。
chmod +x getcif.pl
3. 在VASP工作目录下运行脚本。运行结果会显示凭屏幕上,同时保存在out.cif文件中。

请问vtstscripts是怎么回事?
3楼2012-04-12 14:42:57
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zzy870720z

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【答案】应助回帖


sunyang1988: 金币+1, 辛苦了 2012-04-13 12:15:08
sunyang1988: 应助指数+1 2012-04-13 12:15:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by liufeila at 2012-04-12 14:42:57:
1. 下载附件中的getcif.pl文件,复制到vtstscripts目录下。并确保该目录在环境变量$PATH中。vtstscripts下载见 http://theory.cm.utexa ... ools/scripts/
2. 将脚本文件变成可执行文件。
chmod +x getcif.pl
...

VTST Script,也就是TRANSITION STATE TOOLS FOR VASP,呵呵,下载下来看看,这个挺不错的,处理工具很实用
博学、审问、慎思、明辨、笃学
4楼2012-04-12 14:46:28
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liufeila

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-12 14:46:28:
VTST Script,也就是TRANSITION STATE TOOLS FOR VASP,呵呵,下载下来看看,这个挺不错的,处理工具很实用

我刚把vtstscripts放在我需要跑VASP的目录下了,运行chmod +x getcif.pl,不行啊
5楼2012-04-12 15:07:47
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zzy870720z

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【答案】应助回帖


sunyang1988: 金币+1, 应助指数+1, 谢谢帮助 2012-04-13 12:15:56
引用回帖:
5楼: Originally posted by liufeila at 2012-04-12 15:07:47:
我刚把vtstscripts放在我需要跑VASP的目录下了,运行chmod +x getcif.pl,不行啊

这个是以前的版本,新版本改名了吧,你看一下说明,好像是pos2cif.pl
博学、审问、慎思、明辨、笃学
6楼2012-04-12 15:52:27
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jixiao0526

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liufeila: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-15 09:54:59
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-15 18:20:32
liufeila: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-19 08:59:32
用VESTA吧,能双向转变,很好用的
7楼2012-04-15 09:32:48
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引用回帖:
7楼: Originally posted by jixiao0526 at 2012-04-15 09:32:48:
用VESTA吧,能双向转变,很好用的

8楼2012-04-18 15:37:23
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future_wl

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

VESTA中导出的CIF在MS里面打不开啊,还是应该用getcif.pl,虽然复杂一些
未来就是现在
9楼2013-03-27 14:03:56
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