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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)

[交流] 【问题征集讨论】CONTCAR中的原子名称说明行

VASP5.2版本的CONTCAR出现了新的一行，即原子名称说明行，我们按照以前的vasp指导手册时，经常会在这个问题上出现错误。比如晶体结构优化是，run_cell脚本的copy CONTCAR到POSCAR，这个就不可以继续使用，因为这样子POSCAR后面就不符合要求，程序会出错。

那么，我很想征集一下针对VASP新版本的CONTCAR出现原子名称这新的一行所引起计算过程中出现的问题，以及大家对应解决的办法，希望对各位VASP使用同仁有所帮助。

[ Last edited by youzhizhe on 2010-12-25 at 23:09 ]
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1楼 2010-12-25 23:06:39
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
先开一个头吧。

如上所说，晶体结构优化时，侯柱锋老师的入门指南第25页的run_cell脚本程序中“cp CONTCAR POSCAR” 这个就不可继续使用。
那么请问，各位是如何处理晶体结构优化的这种复杂情况（P23）呢？

[ Last edited by youzhizhe on 2010-12-25 at 23:38 ]
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2楼2010-12-25 23:13:03
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
youzhizhe(金币+2):同意。 2010-12-25 23:33:35
zzy870720z(金币+1):谢谢参与 2011-01-06 14:07:00
copy CONTCAR到POSCAR是没有问题的，vasp5.2可以识别。但原来一些处理vasp输出结果的脚本可能需要做一些修改
在不同种类原子数目上面多了原子名称这一行的文件，我知道的有CONTCAR，CHGCAR，CHG。各个类CHGCAR文件PROCAR,LVTOT什么的应该都有
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3楼2010-12-25 23:14:21
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jghe

金虫 (著名写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-26 08:10:28
这一行不是什么大问题，改改就行了
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4楼2010-12-26 04:02:38
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
mazuju028(金币+2):谢谢交流 2010-12-26 11:30:38
youzhizhe(金币+2):谢谢参与。 2010-12-26 12:27:26
实际上区别在于vasp5.2和vasp4.6在默认设置和输出文件格式上的差别。

vasp5.2对vasp4.6是兼容的，所以前者可以直接调用后者的计算结果。

vasp.5.2默认的FFT网格要密，这个在计算密度类的性质时需要注意一下。

至于前者多出来的原子符号一行，一般删掉可以。

但是我在用xdat2pos.pl这个脚本把xdatcar文件中最后一次离子步的坐标导入vasp5.2的POSCAR中的时候，selective dynamic下一行的direct没有了，后面的F  F  F/T T T也错位一行。这个现在还没想到好的方法处理。
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5楼2010-12-26 10:46:55
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hedaors

禁虫 (正式写手)
★ ★
youzhizhe(金币+5):谢谢交流。 2011-01-06 11:12:28
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2011-01-06 14:07:28
你实际计算了么？

vasp 5.2 的 poscar 就应该有原子名称那一行，只不过 vasp5.2 兼容 4.6 的格式，没有 原子名称那一行也行。

如果你真的不想要那一行，你可以在脚本里加入

sed -i '6,6d' CONTCAR

可以删掉它

[ Last edited by hedaors on 2011-1-6 at 09:58 ]
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6楼2011-01-06 09:57:03
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youzhizhe

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by hedaors at 2011-01-06 09:57:03:
你实际计算了么？

vasp 5.2 的 poscar 就应该有原子名称那一行，只不过 vasp5.2 兼容 4.6 的格式，没有 原子名称那一行也行。

如果你真的不想要那一行，你可以在脚本里加入

sed -i '6,6d ...

计算发现POSCAR里面有原子名称行没问题
谢谢交流，尤其是针对在脚本中添加行的方法。
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7楼2011-01-06 10:05:40
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2011-01-14 14:11:05
谁说不行呢，我的也是5.2，我一直是复制过来接着用啊，从来没出错呀
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8楼2011-01-14 13:55:48
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