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雨萍

银虫 (小有名气)

[求助] 溶剂化效应输入

请问溶剂化效应的输入命令scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2,read)和scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2)有什么区别？
在优化好的构型的基础上用大基组进行计算，分别用了上面两个命令，发现得出的能量，以及相关的自旋密度等数据不一样，请问这是怎么回事？
输入文件如下：
# ub3lyp/gen scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2,read) pop=full gfoldprint

Title Card Required

0 5
坐标数据
C F N H O Se S 0
6-311+g(d,p)
****
Fe     0
S   6   1.00
257539.0000000              0.0002900        
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   8891.4400000              0.0115200        
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    312.5270000              0.3142000        
S   2   1.00
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     53.4987000              0.2116300        
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S   1   1.00
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P   3   1.00
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P   3   1.00
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P   1   1.00
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P   2   1.00
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P   1   1.00
      0.2023700              1.0000000        
P   1   1.00
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D   3   1.00
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      3.8854300              0.3532300        
D   1   1.00
      1.3238000              1.0000000        
D   1   1.00
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D   1   1.00
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F   3   1.00
      4.5150397              0.1737857        
      1.6191972              0.5973381        
      0.6933595              0.3929396        
****
得出的能量是-5988.86472748 a.u.
另一个输入文件：
# ub3lyp/Gen pop=nboread scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2)

Title Card Required

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坐标数据
C F N H O Se S 0
6-311+g(d,p)
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Fe     0
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   8891.4400000              0.0115200        
   2544.0100000              0.0456600        
    844.7770000              0.1403500        
    312.5270000              0.3142000        
S   2   1.00
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S   1   1.00
     17.7151000              1.0000000        
S   1   1.00
      7.3767700              1.0000000        
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      0.6933595              0.3929396        
****
$nbo bndidx $end
得出的能量是-5988.86327012 a.u.，在这个文件中，当用scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2,read)时输入报错，把read去掉就能正常运行。请问这是为什么？
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1楼2012-04-06 12:42:16
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-04-06 15:37:07
雨萍: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-04-06 17:00:27
1.你没有说你的Gaussian版本。我假设是Gaussian03 e01 windows版
在scrf中加read和不加read，只要你已经指定溶剂而不是generic方式自定义溶剂，那么，只要你后面没有修改esp espinf 以及rsolv，那么得到的结果能量就应该是一致的，你说得到能量不一致，有待于分析你的log文件来寻找原因，你确定分子结构一致？
2.至于第二个加read报错，是因为你前面多了一个pop=nboread而随后你给了$nbo bndidx $end ，这两个是相对应的，然而如果加了scrf(read)，Gaussian会先试图去读你指定修改的esp espinf以及rsolv等这些信息，此时读到$nbo bndidx $end 让Gaussian迷惑而报错。至于前面不出错，那只是Gaussian的容错功能，虽然你给了scrf(read),但你没有给任何修正的esp espinf以及rsolv等，那么Gaussian认为你开了个玩笑，它会容忍你的，它默认采用自己保存的CH2Cl2的相应数据而正常忽略scrf(read)的命令。
赞一下(2人) 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2012-04-06 15:16:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨萍

银虫 (小有名气)
谢谢您的回复。也就是说，既然我已经指定了溶剂solvent=CH2Cl2，我加和不加read是一样的（反正我没在最后一行自定义溶剂的一些参数）。
那看来导致结果不一样的原因是因为第一个计算是用linux版的G03,而第二个计算是用linux版的G09。高斯手册上也说“PCM 形式的某些细节与执行方式已不同于 Gaussian 03”。再请教您，这个应该怎么理解呢？我要选择能量的话，G03的合理呢？还是G09的合理呢？
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3楼2012-04-06 17:10:42
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雨萍

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangmt at 2012-04-06 15:16:33:
1.你没有说你的Gaussian版本。我假设是Gaussian03 e01 windows版
在scrf中加read和不加read，只要你已经指定溶剂而不是generic方式自定义溶剂，那么，只要你后面没有修改esp espinf 以及rsolv，那么得到的结果能 ...

将第一个输入文件用G09算了一遍，得出的能量就与第二个一样了。
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4楼2012-04-07 16:17:13
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gmy1990: 金币+2 2012-04-07 23:22:01
雨萍: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-04-08 11:57:15
09的比03的会更好。
同时，09强烈推荐SMD模型，而不是PCM模型。所以，建议你改用SMD弃用PCM，否则投稿时也许会遇到麻烦。
赞一下 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2012-04-07 22:52:07
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雨萍

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangmt at 2012-04-07 22:52:07:
09的比03的会更好。
同时，09强烈推荐SMD模型，而不是PCM模型。所以，建议你改用SMD弃用PCM，否则投稿时也许会遇到麻烦。

嗯，好的，多去了解一下SMD模型。
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6楼2012-04-08 11:58:11
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wenxianliu

金虫 (小有名气)
用SMD计算是应注意什么问题呢？怎样作输入文件呢？
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7楼2012-09-22 15:41:40
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