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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 对分子基团距离scan
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luojin7653

银虫 (正式写手)

[求助] 对分子基团距离scan

除了对分子键长进行scan外，如何把键断开对独立的两个基团之间距离进行scan呢？
求助 谢谢
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今晚打老虎
1楼 2012-04-03 10:59:29
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mchen10 at 2012-04-04 05:33:24:
A     B                                 G  H
                        E     -----       F                I
C                                              J
          d                             ...

问下二面角怎么scan？我试了下只是一个原子动，其他3个都不动。我想要的效果是好像单间旋转的那种。
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5楼2012-04-04 23:05:54
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mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
luojin7653: 金币+4 2012-04-04 11:56:28
A     B                                 G  H
                        E     -----       F                I
C                                              J
          d                                           K

如图所示
z-matrix:
E
F 1 r(EF)
B 1 R(BE) 2 A(BEF)
A 1 R(AE) 2 A(AEF) 3 D(AEFB)
C ...
D ...
G 2 R(GF) 1 A(GFE) 3 D(GFEB)
H ...

其中 r, R是键长，A为键角， D为二面角
小写是变量，大写是常量

在gaussian里的具体操作 请参照说明
在molpro里面可以用循环语句做
赞一下 回复此楼
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
2楼2012-04-04 05:33:24
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luojin7653

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mchen10 at 2012-04-04 05:33:24:
A     B                                 G  H
                        E     -----       F                I
C                                              J
          d                             ...

谢谢，如果这样做 两个分子都是刚性的 还可以自动优化构形吗?
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今晚打老虎
3楼2012-04-04 11:56:20
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mchen10

金虫 (正式写手)
用gaussian是刚性的

用molpro把常量换成变量 可以达到柔性的效果
赞一下 回复此楼
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
4楼2012-04-04 22:38:19
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