应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 对分子基团距离scan
51/1返回列表
查看: 543  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

luojin7653

银虫 (正式写手)

[求助] 对分子基团距离scan

除了对分子键长进行scan外，如何把键断开对独立的两个基团之间距离进行scan呢？
求助 谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
今晚打老虎
1楼 2012-04-03 10:59:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luojin7653

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mchen10 at 2012-04-04 05:33:24:
A     B                                 G  H
                        E     -----       F                I
C                                              J
          d                             ...

谢谢，如果这样做 两个分子都是刚性的 还可以自动优化构形吗?
赞一下 回复此楼
今晚打老虎
3楼2012-04-04 11:56:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
luojin7653: 金币+4 2012-04-04 11:56:28
A     B                                 G  H
                        E     -----       F                I
C                                              J
          d                                           K

如图所示
z-matrix:
E
F 1 r(EF)
B 1 R(BE) 2 A(BEF)
A 1 R(AE) 2 A(AEF) 3 D(AEFB)
C ...
D ...
G 2 R(GF) 1 A(GFE) 3 D(GFEB)
H ...

其中 r, R是键长，A为键角， D为二面角
小写是变量，大写是常量

在gaussian里的具体操作 请参照说明
在molpro里面可以用循环语句做
赞一下 回复此楼
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
2楼2012-04-04 05:33:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mchen10

金虫 (正式写手)
用gaussian是刚性的

用molpro把常量换成变量 可以达到柔性的效果
赞一下 回复此楼
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
4楼2012-04-04 22:38:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ldzh0531

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mchen10 at 2012-04-04 05:33:24:
A     B                                 G  H
                        E     -----       F                I
C                                              J
          d                             ...

问下二面角怎么scan？我试了下只是一个原子动，其他3个都不动。我想要的效果是好像单间旋转的那种。
赞一下 回复此楼
5楼2012-04-04 23:05:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭