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tritiger

铜虫 (职业作家)

[求助] 晶体中有2个乙醇,编辑说用SQEEZE模式消除一下,如何消除?

这是编辑的回信,也高手出马。

1. The investigation shows that there is not ethanol/water solvent, but most likely two disordered ethanol molecules. However, exact localization of these molecules at room temperature is very problematic even for experts.

I obtained R-factor 5.4% with two disordered ethanol molecules.

2. I generally do not support use of SQUEEZE procedure, but in this particular case I would recommend you to do so and use solvent mask.

This way, I obtained R-factor 4.5%

3. Please, re-refine the structure either using disordered solvent model or using solvent mask procedure.

4. The structure represents bis-ethanol solvate, no water here, please make corrections.

5. If you decide to go with the solvent mask, this must be explicitly stated in the paper

6. I see your description of hydrogen bonds is wrong. Please, check carefully and make corrections.

7. The rest of my criticisms from the previous letter applies. I apologize for losing your res and hkl files.
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

Alchemist

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感谢参与,应助指数 +1
lijunjie84: 金币+1, 清晰明了! 2012-03-27 12:15:20
Plation---data----sequeeze,再用这个产生的HKL精修一下,
2楼2012-03-27 11:27:34
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gaiyanlide

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lijunjie84: 金币+1, 说的很详细! 2012-03-27 12:15:36
Wingx - Analyse-platon-squesse
这样计算结束后得到三个文件:squeeze.hkl,platon.sqz,platon.sqf
把解析文件中的name.hkl 重新命名,再将squeeze.hkl重新命名为name.hkl 未重新命名前的文件名。对name.ins文件进行重新精修,这样就能消除无序溶剂分子对精修结果的影响。
解析结束之后,将platon.hqf中的内容copy到name.cif 文件的最后就可以了。
3楼2012-03-27 11:34:38
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crystalart

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tritiger: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢。可是没有消除溶剂分子啊。 2012-03-28 16:12:13
要注意的是:楼上最后一条是必需的, 否则会被认为是作假
在不断努力中艰难前行
4楼2012-03-27 13:17:39
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tritiger

铜虫 (职业作家)

能否把溶剂分子消除掉
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5楼2012-03-28 16:12:42
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