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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 怎么从解析的文件判断氢键？
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易沁桦

木虫 (小有名气)

[求助] 怎么从解析的文件判断氢键？

从测试处拿回来的有关氢键的文件内容如下（两个样品的，编号分别为169和314），看不太懂哈，再有，一个H只能成一个氢键吧，有两个的情况应该怎么判断呢？望高手较一下怎么看这个文件，还有怎么取舍，谢谢
exp169
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.
D-H           d(D-H)   d(H..A)    O5-H5          0.820    2.242   116.36    2.707    O4
O5-H5          0.820    2.311   152.75    3.063    O12

O11-H11        0.820
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O11:
------------------------------------------------------------------------------
N2-H2          0.860
O7-H7          0.820
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O7:
------------------------------------------------------------------------------
O9-H9A         0.820    2.266   113.92    2.705    O8
O9-H9A         0.820    2.334   146.03    3.048    O101


exp314
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.
D-H           d(D-H)   d(H..A)    O5-H5          0.840    1.973   161.66    2.782    O2 [ -x+1/2, y+1/2, -z+1 ]
O9-H9          0.840
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O9:
------------------------------------------------------------------------------
O10-H10        0.840    2.161   162.02    2.971    O7
O10-H10        0.840    2.240   113.34    2.685    O8

O14-H14        0.840    2.196   146.66    2.934    O13
O14-H14        0.840    2.275   113.22    2.718    O11

N1-H1          0.880
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努力工作，开心生活
1楼 2012-03-24 15:28:22
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dong.fy

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
lichun1210: 金币+1, 感谢回帖交流~ 2012-03-24 20:42:50
一个氢可以形成多个氢健的，这些氢键都挺好的，角度大于110 氢键长度不超过3.8的样子都可以
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因为喜欢，所以快乐！
2楼2012-03-24 19:53:35
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dong.fy

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
huangjr: 金币+1, 感谢热心帮助~ 2012-03-25 11:56:40
D是供氢体donor 可以是羟基什么的也可以是连碳氢即所谓的经典氢键和非经典氢键 A是acceptor 氢接受体就是O N之类的原子 那个d（...）是指键长 还有什么不明白吗
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因为喜欢，所以快乐！
3楼2012-03-24 19:59:02
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
lichun1210: 金币+1, 感谢回帖交流~ 2012-03-24 20:43:10
exp169
很多没有形成氢键，这样可能CHECKCIF产生问题。
exp314
也有2个没有形成氢键，可能氢原子角度不对，需要调整，才能形成氢键。
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老歪博
4楼2012-03-24 20:16:30
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易沁桦

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dong.fy at 2012-03-24 19:53:35:
一个氢可以形成多个氢健的，这些氢键都挺好的，角度大于110 氢键长度不超过3.8的样子都可以

氢键不是有饱和性么，一个氢又怎么成多个氢键呢
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努力工作，开心生活
5楼2012-03-24 23:49:13
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易沁桦

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dong.fy at 2012-03-24 19:59:02:
D是供氢体donor 可以是羟基什么的也可以是连碳氢即所谓的经典氢键和非经典氢键 A是acceptor 氢接受体就是O N之类的原子 那个d（...）是指键长 还有什么不明白吗

比如O5H5显示了两行数据，分别和O4和O12，那怎么判断到底和谁成了氢键呢
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努力工作，开心生活
6楼2012-03-24 23:51:57
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易沁桦

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by p452_1 at 2012-03-24 20:16:30:
exp169
很多没有形成氢键，这样可能CHECKCIF产生问题。
exp314
也有2个没有形成氢键，可能氢原子角度不对，需要调整，才能形成氢键。

你的意思是解析过程出了问题，调整了就有氢键？判断没有成氢键的标准和原因请告诉我。
由于这不是我解析的，是送到测试处解析的，我也不懂
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努力工作，开心生活
7楼2012-03-24 23:54:35
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
huangjr: 金币+1, 感谢老师热心帮助~ 2012-03-25 11:56:58
引用回帖:
7楼: Originally posted by 易沁桦 at 2012-03-24 23:54:35:
你的意思是解析过程出了问题，调整了就有氢键？判断没有成氢键的标准和原因请告诉我。
由于这不是我解析的，是送到测试处解析的，我也不懂

从能量最低最稳定的角度考虑，氧上的H原子一般都倾向于与附近的非氢原子形成氢键。
你的exp169里头
O11-H11        0.820
N2-H2          0.860
O7-H7          0.820
这3个H都没有形成氢键。通过调整氢原子的方向有可能形成氢键。另一个化合物亦然。
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老歪博
8楼2012-03-25 01:13:42
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 易沁桦 at 2012-03-24 23:51:57:
比如O5H5显示了两行数据，分别和O4和O12，那怎么判断到底和谁成了氢键呢

一个H原子可以形成2个氢键，不存在问题。
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老歪博
9楼2012-03-25 01:14:50
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易沁桦

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by p452_1 at 2012-03-25 01:13:42:
从能量最低最稳定的角度考虑，氧上的H原子一般都倾向于与附近的非氢原子形成氢键。
你的exp169里头
O11-H11        0.820
N2-H2          0.860
O7-H7          0.820
这3个H都没有形成氢键。通过调整氢原子 ...

嗯，谢谢。
那么O5H5和O9H9是确定成氢键了吧，后面都有分别有两个氧原子，怎么判断到底和哪个成了氢键呢？
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努力工作，开心生活
10楼2012-03-25 11:08:54
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