24小时热门版块排行榜    

查看: 1066  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

baigang3500

新虫 (初入文坛)

[交流] 哪位帮我分析一下,一个简单程序 已有6人参与

我写得这个文件运行后,用vmd看发现分子不运动,这是为什么?谢谢啊!
units real
boundary p p p
atom_style atomic
neighbor 0.3 bin
neigh_modify  delay 2

#create geometry

lattice    fcc 5.405
region 1 block 0 15 0 15 -5 10
create_box  2 1
region 2 block 0 15 0 15 -5 0
create_atoms 1 region 2
region 3 block 0 15 0 15 0 10
create_atoms 2 region 3
create_atoms    2 random 20000 123 3
region          4 cone z 72.9 32.4 0 8.034 3 33 units box
delete_atoms   region 4
mass            1 39.948
mass             2 195.08



# potentials

pair_style lj/cut 11.9175
pair_modify   shift yes
pair_coeff       2 2 0.24036 3.405
pair_coeff        1 1  2.4036 3.405
pair_coeff         1 2 0.24036 3.405

#define groups

group solid region 1
group liquid region 2

# initialvelocities

velocity all create 96 2323 dist gaussian

fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0
compute       liq_temp liquid temp
compute      liq_iso all pressure liq_temp


thermo_style         custom step c_liq_temp c_liq_iso
dump 1 all atom 1000 dump.all
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thinkllh

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-28 08:39:02
你是在做能量最小化,不是跑MD,所以原子的移动可能很小,你可以对比一下初始坐标和最终坐标,看相差多少。
Thinkwiththeworld.
4楼2012-03-27 20:05:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

小鱼儿之海

铜虫 (初入文坛)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-23 23:15:23
好象没有thermo吧?
2楼2012-03-23 19:23:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baigang3500

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小鱼儿之海 at 2012-03-23 19:23:27:
好象没有thermo吧?

加上thermo 5000后还是不动啊,太郁闷了
3楼2012-03-26 11:18:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sdzjc1988

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个....你没有run啊?另外,也没时间步
加两行命令
timestep 0.0005
run   100000

数值仅供参考,你自己按需要调整
5楼2012-03-28 11:35:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 工科0856求调剂 +4 沐析汀汀 2026-03-21 4/200 2026-03-23 13:08 by 醉在风里
[考研] 323求调剂 +6 洼小桶 2026-03-18 6/300 2026-03-23 00:29 by king123!
[考研] 317求调剂 +12 申子申申 2026-03-19 18/900 2026-03-22 22:23 by luoyongfeng
[考研] 307求调剂 +11 冷笙123 2026-03-17 11/550 2026-03-22 20:16 by edmund7
[考研] 287求调剂 +8 晨昏线与星海 2026-03-19 9/450 2026-03-22 17:01 by i_cooler
[考研] 一志愿中南化学(0703)总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +7 Auroracx 2026-03-22 7/350 2026-03-22 12:38 by 素颜倾城1988
[考研] 考研调剂 +4 来好运来来来 2026-03-21 4/200 2026-03-22 12:15 by 星空星月
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:09 by 星空星月
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国石油大学(华东) 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿:南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕,总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 322求调剂 +4 然11 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:12 by luoyongfeng
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
信息提示
请填处理意见