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baigang3500

新虫 (初入文坛)

[交流] 哪位帮我分析一下,一个简单程序 已有6人参与

我写得这个文件运行后,用vmd看发现分子不运动,这是为什么?谢谢啊!
units real
boundary p p p
atom_style atomic
neighbor 0.3 bin
neigh_modify  delay 2

#create geometry

lattice    fcc 5.405
region 1 block 0 15 0 15 -5 10
create_box  2 1
region 2 block 0 15 0 15 -5 0
create_atoms 1 region 2
region 3 block 0 15 0 15 0 10
create_atoms 2 region 3
create_atoms    2 random 20000 123 3
region          4 cone z 72.9 32.4 0 8.034 3 33 units box
delete_atoms   region 4
mass            1 39.948
mass             2 195.08



# potentials

pair_style lj/cut 11.9175
pair_modify   shift yes
pair_coeff       2 2 0.24036 3.405
pair_coeff        1 1  2.4036 3.405
pair_coeff         1 2 0.24036 3.405

#define groups

group solid region 1
group liquid region 2

# initialvelocities

velocity all create 96 2323 dist gaussian

fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0
compute       liq_temp liquid temp
compute      liq_iso all pressure liq_temp


thermo_style         custom step c_liq_temp c_liq_iso
dump 1 all atom 1000 dump.all
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000
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小鱼儿之海

铜虫 (初入文坛)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-23 23:15:23
好象没有thermo吧?
2楼2012-03-23 19:23:27
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baigang3500

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小鱼儿之海 at 2012-03-23 19:23:27:
好象没有thermo吧?

加上thermo 5000后还是不动啊,太郁闷了
3楼2012-03-26 11:18:25
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thinkllh

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-28 08:39:02
你是在做能量最小化,不是跑MD,所以原子的移动可能很小,你可以对比一下初始坐标和最终坐标,看相差多少。
Thinkwiththeworld.
4楼2012-03-27 20:05:02
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sdzjc1988

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个....你没有run啊?另外,也没时间步
加两行命令
timestep 0.0005
run   100000

数值仅供参考,你自己按需要调整
5楼2012-03-28 11:35:11
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mengwuyu

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
在NPT系综下你好像也压强的控制啊,
坚持自己的方向勇往直前!
6楼2012-03-29 14:43:47
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wang06x

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 一语中的 2012-03-29 15:02:53
你这个连run都没有,当然不能动了
低调
7楼2012-03-29 14:57:55
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lovingstudy

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
弱弱地请教一下,这是什么程序呢?
水深着呢。。。
8楼2012-03-31 16:03:53
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