24小时热门版块排行榜    

查看: 1059  |  回复: 7

baigang3500

新虫 (初入文坛)

[交流] 哪位帮我分析一下,一个简单程序 已有6人参与

我写得这个文件运行后,用vmd看发现分子不运动,这是为什么?谢谢啊!
units real
boundary p p p
atom_style atomic
neighbor 0.3 bin
neigh_modify  delay 2

#create geometry

lattice    fcc 5.405
region 1 block 0 15 0 15 -5 10
create_box  2 1
region 2 block 0 15 0 15 -5 0
create_atoms 1 region 2
region 3 block 0 15 0 15 0 10
create_atoms 2 region 3
create_atoms    2 random 20000 123 3
region          4 cone z 72.9 32.4 0 8.034 3 33 units box
delete_atoms   region 4
mass            1 39.948
mass             2 195.08



# potentials

pair_style lj/cut 11.9175
pair_modify   shift yes
pair_coeff       2 2 0.24036 3.405
pair_coeff        1 1  2.4036 3.405
pair_coeff         1 2 0.24036 3.405

#define groups

group solid region 1
group liquid region 2

# initialvelocities

velocity all create 96 2323 dist gaussian

fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0
compute       liq_temp liquid temp
compute      liq_iso all pressure liq_temp


thermo_style         custom step c_liq_temp c_liq_iso
dump 1 all atom 1000 dump.all
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小鱼儿之海

铜虫 (初入文坛)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-23 23:15:23
好象没有thermo吧?
2楼2012-03-23 19:23:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baigang3500

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小鱼儿之海 at 2012-03-23 19:23:27:
好象没有thermo吧?

加上thermo 5000后还是不动啊,太郁闷了
3楼2012-03-26 11:18:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thinkllh

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-28 08:39:02
你是在做能量最小化,不是跑MD,所以原子的移动可能很小,你可以对比一下初始坐标和最终坐标,看相差多少。
Thinkwiththeworld.
4楼2012-03-27 20:05:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sdzjc1988

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个....你没有run啊?另外,也没时间步
加两行命令
timestep 0.0005
run   100000

数值仅供参考,你自己按需要调整
5楼2012-03-28 11:35:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengwuyu

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
在NPT系综下你好像也压强的控制啊,
坚持自己的方向勇往直前!
6楼2012-03-29 14:43:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wang06x

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 一语中的 2012-03-29 15:02:53
你这个连run都没有,当然不能动了
低调
7楼2012-03-29 14:57:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovingstudy

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
弱弱地请教一下,这是什么程序呢?
水深着呢。。。
8楼2012-03-31 16:03:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baigang3500 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +3 材料学257求调剂 2026-03-23 4/200 2026-03-23 09:25 by 材料学257求调剂
[考研] 070300,一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 求调剂一志愿海大,0703化学学硕304分,有大创项目,四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +11 梨花珞晚风 2026-03-17 11/550 2026-03-22 17:42 by luoyongfeng
[考研] 306求调剂 +5 来好运来来来 2026-03-22 5/250 2026-03-22 16:17 by BruceLiu320
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 305分求调剂(食品工程) +4 Sxy112 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:26 by 无懈可击111
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 机械专硕299求调剂至材料 +3 kkcoco25 2026-03-16 4/200 2026-03-21 03:52 by JourneyLucky
[考研] 材料工程(专)一志愿985 初试335求调剂 +3 hiloiy 2026-03-17 4/200 2026-03-21 03:04 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国石油大学(华东) 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-03-19 11/550 2026-03-20 21:30 by laoshidan
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 085601专硕,总分342求调剂,地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
信息提示
请填处理意见