24小时热门版块排行榜    

查看: 1065  |  回复: 7

baigang3500

新虫 (初入文坛)

[交流] 哪位帮我分析一下,一个简单程序 已有6人参与

我写得这个文件运行后,用vmd看发现分子不运动,这是为什么?谢谢啊!
units real
boundary p p p
atom_style atomic
neighbor 0.3 bin
neigh_modify  delay 2

#create geometry

lattice    fcc 5.405
region 1 block 0 15 0 15 -5 10
create_box  2 1
region 2 block 0 15 0 15 -5 0
create_atoms 1 region 2
region 3 block 0 15 0 15 0 10
create_atoms 2 region 3
create_atoms    2 random 20000 123 3
region          4 cone z 72.9 32.4 0 8.034 3 33 units box
delete_atoms   region 4
mass            1 39.948
mass             2 195.08



# potentials

pair_style lj/cut 11.9175
pair_modify   shift yes
pair_coeff       2 2 0.24036 3.405
pair_coeff        1 1  2.4036 3.405
pair_coeff         1 2 0.24036 3.405

#define groups

group solid region 1
group liquid region 2

# initialvelocities

velocity all create 96 2323 dist gaussian

fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0
compute       liq_temp liquid temp
compute      liq_iso all pressure liq_temp


thermo_style         custom step c_liq_temp c_liq_iso
dump 1 all atom 1000 dump.all
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小鱼儿之海

铜虫 (初入文坛)


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-03-23 23:15:23
好象没有thermo吧?
2楼2012-03-23 19:23:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baigang3500

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小鱼儿之海 at 2012-03-23 19:23:27:
好象没有thermo吧?

加上thermo 5000后还是不动啊,太郁闷了
3楼2012-03-26 11:18:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thinkllh

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-28 08:39:02
你是在做能量最小化,不是跑MD,所以原子的移动可能很小,你可以对比一下初始坐标和最终坐标,看相差多少。
Thinkwiththeworld.
4楼2012-03-27 20:05:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sdzjc1988

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个....你没有run啊?另外,也没时间步
加两行命令
timestep 0.0005
run   100000

数值仅供参考,你自己按需要调整
5楼2012-03-28 11:35:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengwuyu

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
在NPT系综下你好像也压强的控制啊,
坚持自己的方向勇往直前!
6楼2012-03-29 14:43:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wang06x

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 一语中的 2012-03-29 15:02:53
你这个连run都没有,当然不能动了
低调
7楼2012-03-29 14:57:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lovingstudy

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
弱弱地请教一下,这是什么程序呢?
水深着呢。。。
8楼2012-03-31 16:03:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baigang3500 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 306求0703调剂一志愿华中师范 +6 纸鱼ly 2026-03-21 6/300 2026-03-23 12:08 by Iveryant
[考研] 求调剂一志愿海大,0703化学学硕304分,有大创项目,四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 289求调剂 +7 怀瑾握瑜l 2026-03-20 7/350 2026-03-22 15:57 by ColorlessPI
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 4/200 2026-03-22 10:25 by QGZDSYS
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 0703化学调剂 +4 妮妮ninicgb 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:39 by 学员8dgXkO
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +4 某某某某位 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:30 by barlinike
[考研] 346求调剂[0856] +4 WayneLim327 2026-03-16 7/350 2026-03-21 04:02 by JourneyLucky
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +6 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 7/350 2026-03-21 01:03 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂211或者双一流 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 材料,纺织,生物(0856、0710),化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
信息提示
请填处理意见