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p452_1至尊木虫 (知名作家)
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交流：水上加氢原子精修讨论 已有19人参与
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游离氧原子上头都要求加氢原子，如果不加氢原子，在checkcif时候肯定是A类问题。如果氢原子加了以后，精修不好，也会产生很多的问题，比如氢原子的键长键角问题、氢原子的热参数问题以及氢键问题等。 水上加氢原子，一般要求找合适的q峰，命名为相应的氢原子后进行精修。 1、水上的氢原子不是必然要使用'dfix ' or 'afix '命令。'dfix '是约束命令，而'afix '是固定命令。只有在水分子上的氢原子不能很好精修的时候才使用这些命令，并且，建议一般使用'dfix '命令，因为'afix '命令一般用于C上的理想的氢原子固定，这样的氢原子不需要参与精修。'dfix '命令行一般表述为： dfix 0.84 O1 H1a O1 H1b (限制键长，0.84 A 可以改变) dfix 1.46 H1a H1b （限制键角，一般理想的O与2个氢原子的键角为120度。数值也可以改变） 2、在精修的时候，水分子上头的氢原子的热参数往往不是过大就是过小，极不稳定。这时候，一般就把氢原子的热参数固定为与它键连的氧原子热参数的1.2 or 1.5。标示为 '-1.20000' or '-1.50000'。这个数字表示氢原子的热参数固定了，不再参与精修了，与'dfix ' or 'afix '命令没有必然的联系。 3、有时候会在ins或者res文件里看到'rem'三个字母，可以理解为是'remove'的意思。如果'rem'放在了某个指令的前面，表示这个指令已经被取消，在这里就相当于'remind'，提醒你曾经使用过这个指令，但是效果不好，或者没有必要使用这个命令，已经删除了。比如看到rem afix, 表示这个afix命令已经取消了。 4、水分子的氢原子的取向应该适合形成氢键，这样整个结构最稳定和合理。 以上仅为个人经验所得，欢迎各位朋友批评、修正和补充。 |
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qiqing7777
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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请问老师，这个问题： DFIX 0.85 0.01 O1W H1WA DFIX 0.85 0.01 O1W H1WB DFIX 0.85 0.01 O2W H2WA DFIX 0.85 0.01 O2W H2WB DFIX 0.85 0.01 O3W H3WA DFIX 0.85 0.01 O3W H3WB DFIX 0.85 0.01 O4W H4WA DFIX 0.85 0.01 O4W H4WB DFIX 1.39 0.01 H1WA H1WB DFIX 1.39 0.01 H2WA H2WB DFIX 1.39 0.01 H3WA H3WB DFIX 1.39 0.01 H4WA H4WB 我把四个水都DIFX了，可是CHECK还是说： PLAT355_ALERT_3_A Long O-H Bond (0.82A) O2W - H2WB ... 1.18 Ang. PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H4WB .. H4WB .. 1.62 Ang. 小生表示哪里错了 |
25楼2013-04-04 16:52:27
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3楼2012-03-17 08:36:29
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p452_1: 回帖置顶 2012-03-17 17:33:51
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补充一点： 有时候开头使用'dfix ' 命令，来约束水上的氢原子，但是在精修时候这种约束达不到理想的效果，这种时候就果断使用 'afix '命令来固定氢原子，把氢原子的热参数设为'-1.20000' ，意味着这个水上的氢原子的原子坐标和热参数都固定，不参与精修。一般命令行表述为： afix 3 H1a 2 +++ *** -1.20000 （依次为序数、原子坐标、占有率、热参数） H1b +++++ (同上) afix 0 afix 0 表示固定原子范围结束。使用了'afix '命令后，前头使用的 'dfix ' 命令就不再起作用，可以去掉了，再精修。否则cif文件里的restraint的数目还会把这些 'dfix ' 命令算进去的。 |
6楼2012-03-17 17:33:02
