应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用什么软件处理namd跑出来的dcd文件
101/1返回列表
查看: 2196  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

476992939

铜虫 (初入文坛)

[交流] 用什么软件处理namd跑出来的dcd文件

用namd跑出来的dcd文件可以用什么软件处理啊，有没有不用脚本的，自己写脚本是在不是强项……
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-03-13 17:39:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★
476992939(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs(金币+3): 标准答案！哈哈 2012-03-13 20:41:51
VMD
都用namd做模拟了，tcl脚本是必须学的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-03-13 20:25:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

476992939

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-13 20:25:39:
VMD
都用namd做模拟了，tcl脚本是必须学的。

版主也用VMD吗，我想问一下用VMD做出来的模型可以在图上标出氢键吗？具体怎么操作呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-03-19 15:03:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-19 15:54:37
476992939: 金币+10 2012-03-20 10:37:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by 476992939 at 2012-03-19 15:03:39:
版主也用VMD吗，我想问一下用VMD做出来的模型可以在图上标出氢键吗？具体怎么操作呢？

Graphics->Representations然后在出来的对话框中左下方中的Drawing Method中选择Hbonds

命令 llength [ measure hbonds xxx xxx ]  就可以告诉你有多少氢键

多看看VMD手册，万事OK!
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2012-03-19 15:15:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoshuxin12

新虫 (初入文坛)
★
476992939(金币+1): 谢谢参与
vmd可以显示轨迹~也有教程
赞一下 回复此楼
9楼2014-10-14 19:45:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoshuxin12

新虫 (初入文坛)
我想知道如何计算氢键随时间的变化，有脚本吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
10楼2014-12-26 01:25:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
youfengling5楼
2012-03-19 15:19   回复  
476992939(金币+1): 谢谢参与
msc57626楼
2012-03-19 15:23   回复  
476992939(金币+1): 谢谢参与
gongxd3257楼
2012-03-19 15:29   回复  
476992939(金币+1): 谢谢参与
wenbin99038楼
2012-03-19 15:37   回复  
476992939(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 476992939 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 5/250 2026-11-13 11:15 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:20 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:09 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:30 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:14 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:43 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:24 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 07:09 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:36 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:25 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 06:03 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:08 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:00 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 17:03 by TgvkbZZl9tqB
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭