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476992939

铜虫 (初入文坛)

[交流] 用什么软件处理namd跑出来的dcd文件

用namd跑出来的dcd文件可以用什么软件处理啊，有没有不用脚本的，自己写脚本是在不是强项……
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1楼 2012-03-13 17:39:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★
476992939(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs(金币+3): 标准答案！哈哈 2012-03-13 20:41:51
VMD
都用namd做模拟了，tcl脚本是必须学的。
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2楼2012-03-13 20:25:39
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476992939

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-13 20:25:39:
VMD
都用namd做模拟了，tcl脚本是必须学的。

版主也用VMD吗，我想问一下用VMD做出来的模型可以在图上标出氢键吗？具体怎么操作呢？
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3楼2012-03-19 15:03:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-19 15:54:37
476992939: 金币+10 2012-03-20 10:37:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by 476992939 at 2012-03-19 15:03:39:
版主也用VMD吗，我想问一下用VMD做出来的模型可以在图上标出氢键吗？具体怎么操作呢？

Graphics->Representations然后在出来的对话框中左下方中的Drawing Method中选择Hbonds

命令 llength [ measure hbonds xxx xxx ]  就可以告诉你有多少氢键

多看看VMD手册，万事OK!
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4楼2012-03-19 15:15:24
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zhaoshuxin12

新虫 (初入文坛)
★
476992939(金币+1): 谢谢参与
vmd可以显示轨迹~也有教程
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9楼2014-10-14 19:45:29
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zhaoshuxin12

新虫 (初入文坛)
我想知道如何计算氢键随时间的变化，有脚本吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2014-12-26 01:25:33
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youfengling5楼
2012-03-19 15:19   回复  
476992939(金币+1): 谢谢参与
msc57626楼
2012-03-19 15:23   回复  
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gongxd3257楼
2012-03-19 15:29   回复  
476992939(金币+1): 谢谢参与
wenbin99038楼
2012-03-19 15:37   回复  
476992939(金币+1): 谢谢参与
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