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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 用phylip建树如何设多个外群
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ZOEY21

金虫 (小有名气)

[求助] 用phylip建树如何设多个外群

如题 我看有的文献做的树外群都有很多个的，那么请问 用phylip建立系统进化树如何设多个外群？还是只能设一个外群？还有我的树建好后用treeview查看都看不到自检值的？是树建的太差了吗？求大家帮忙啊
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1楼 2012-03-13 16:08:30
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ZOEY21

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-03-14 13:17:39:
phylip构建UPGMA树是不需要外群的，儿NJ树需要找一个最远的外群就好，得到树后，根据你的研究内容，标出你全部的外群就好

非常感谢！学到了东西。
我是想做物种鉴定，用phylip构建NJ树。外群不是需要尽量远也不能太远吗，难道是越远越好？做NJ树时选定外群只能选一个不是，那得到树后，自己标注就好，是这样的吧？
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3楼2012-03-14 17:24:50
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ZOEY21(金币+3): ★★★很有帮助 2012-03-14 17:25:30
phylip构建UPGMA树是不需要外群的，儿NJ树需要找一个最远的外群就好，得到树后，根据你的研究内容，标出你全部的外群就好
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将相本无种★男儿当自强
2楼2012-03-14 13:17:39
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 专业人士啊！ 2012-03-14 22:37:18
这个要看你研究的内容了，如果是近缘种之间的关系，不仅是NJ树，最好辅助以Bayes和ML树，这些都有对应的软件。或者使用MEGA也可以做初步的分析，只是发文章的时候效果不如其他专业软件来的有说服力。
关于外群的选择还是要针对情况，如果选的太远，内部分枝会很短，不利于讨论问题，太近的话可能无法有效分开，这还是基于你研究的问题而定。
得到树后，有很多软件可以辅助画树，如Figtree等。
希望对你有帮助，如果你在北京，我们可以当面联系，看看你的数据再说
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将相本无种★男儿当自强
4楼2012-03-14 22:26:07
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