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ZOEY21

金虫 (小有名气)

[求助] 用phylip建树如何设多个外群

如题 我看有的文献做的树外群都有很多个的,那么请问 用phylip建立系统进化树如何设多个外群?还是只能设一个外群?还有我的树建好后用treeview查看都看不到自检值的?是树建的太差了吗?求大家帮忙啊
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ZOEY21(金币+3): ★★★很有帮助 2012-03-14 17:25:30
phylip构建UPGMA树是不需要外群的,儿NJ树需要找一个最远的外群就好,得到树后,根据你的研究内容,标出你全部的外群就好
将相本无种★男儿当自强
2楼2012-03-14 13:17:39
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ZOEY21

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by rommel1941 at 2012-03-14 13:17:39:
phylip构建UPGMA树是不需要外群的,儿NJ树需要找一个最远的外群就好,得到树后,根据你的研究内容,标出你全部的外群就好

非常感谢!学到了东西。
我是想做物种鉴定,用phylip构建NJ树。外群不是需要尽量远也不能太远吗,难道是越远越好?做NJ树时选定外群只能选一个不是,那得到树后,自己标注就好,是这样的吧?
3楼2012-03-14 17:24:50
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 专业人士啊! 2012-03-14 22:37:18
这个要看你研究的内容了,如果是近缘种之间的关系,不仅是NJ树,最好辅助以Bayes和ML树,这些都有对应的软件。或者使用MEGA也可以做初步的分析,只是发文章的时候效果不如其他专业软件来的有说服力。
关于外群的选择还是要针对情况,如果选的太远,内部分枝会很短,不利于讨论问题,太近的话可能无法有效分开,这还是基于你研究的问题而定。
得到树后,有很多软件可以辅助画树,如Figtree等。
希望对你有帮助,如果你在北京,我们可以当面联系,看看你的数据再说
将相本无种★男儿当自强
4楼2012-03-14 22:26:07
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