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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » NBO/AIM » 怎么样用choose把CH3NH2分成两个unit
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kathy2008

木虫 (正式写手)

[求助] 怎么样用choose把CH3NH2分成两个unit

在Gamess下编译NBO后，怎么样用choose把CH3NH2分成两个unit。其中一个单位是CH3，另一个单位是NH2，我的输入文件如下。
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY MULT=1 ICHARG=0 MAXIT=200
  COORD=UNIQUE UNITS=ANGS NZVAR=0 NPRINT=7 $END
$SYSTEM MEMORY=100000000 $END
$SCF CONV=1.0d-8  $END
$BASIS  GBASIS=N21 NGAUSS=3 $END
$NBO $END
$DATA
ch3nh2
C1
C  6                0.00000000    0.00000000    0.00000000
N  7                0.00000000    0.00000000    1.47000000
H  1                1.02766199    0.00000000   -0.36333296
H  1               -0.51383099   -0.88998139   -0.36333296
H  1               -0.51383099    0.88998139   -0.36333296
H  1                0.47611863    0.82466165    1.80666632
H  1                0.47611863   -0.82466165    1.80666632
$END
$CHOOSE
  LONE 2 1  END
  BOND S 1 2
       S 1 3
       S 1 4
       S 1 5
       S 2 6
       S 2 7 END
$END
输出的结果总是
NATURAL BOND ORBITALS (Summary):

                                                     Principal Delocalizations
           NBO                 Occupancy    Energy   (geminal,vicinal,remote)
===============================================================================
Molecular unit  1  (CH5N)
   1. BD ( 1) C  1- N  2        1.99858    -0.89908
   2. BD ( 1) C  1- H  3        1.99860    -0.69181  14(v)
   3. BD ( 1) C  1- H  4        1.99399    -0.68892  27(v),26(g)
   4. BD ( 1) C  1- H  5        1.99399    -0.68892  28(v),25(g)
      Donor NBO (i)              Acceptor NBO (j)       kcal/mol   a.u.    a.u.
===============================================================================

within unit  1
   2. BD ( 1) C 1- H 3       14. RY*( 1) N 2              0.84    2.18    0.038
   3. BD ( 1) C 1- H 4       26. BD*( 1) C 1- H 5         0.52    1.39    0.024
   3. BD ( 1) C 1- H 4       27. BD*( 1) N 2- H 6         3.03    1.37    0.057
   4. BD ( 1) C 1- H 5       25. BD*( 1) C 1- H 4         0.52    1.39    0.024
   4. BD ( 1) C 1- H 5       28. BD*( 1) N 2- H 7         3.03    1.37    0.057
   5. BD ( 1) N 2- H 6       10. RY*( 1) C 1              0.56    1.78    0.028
   5. BD ( 1) N 2- H 6       25. BD*( 1) C 1- H 4         2.85    1.51    0.059
   6. BD ( 1) N 2- H 7       10. RY*( 1) C 1              0.56    1.78    0.028
   6. BD ( 1) N 2- H 7       26. BD*( 1) C 1- H 5         2.85    1.51    0.059
   7. CR ( 1) C 1            16. RY*( 3) N 2              0.61   13.11    0.080
   7. CR ( 1) C 1            18. RY*( 1) H 3              1.40   11.99    0.116
   7. CR ( 1) C 1            19. RY*( 1) H 4              1.55   11.99    0.122
   7. CR ( 1) C 1            20. RY*( 1) H 5              1.55   11.99    0.122
   8. CR ( 1) N 2            10. RY*( 1) C 1              1.51   16.23    0.140
   8. CR ( 1) N 2            12. RY*( 3) C 1              0.84   16.77    0.106
   8. CR ( 1) N 2            21. RY*( 1) H 6              0.61   16.26    0.089
   8. CR ( 1) N 2            22. RY*( 1) H 7              0.61   16.26    0.089
   9. LP ( 1) N 2            24. BD*( 1) C 1- H 3         8.13    1.13    0.086
   9. LP ( 1) N 2            25. BD*( 1) C 1- H 4         1.46    1.14    0.037
   9. LP ( 1) N 2            26. BD*( 1) C 1- H 5         1.46    1.14    0.037
也就是说没有分成两个unit，不知那个同行有何高见。谢谢。
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1楼 2012-03-13 13:02:41
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990(金币+2): 2012-03-13 19:23:35
kathy2008(金币+5): ★有帮助 2012-03-13 20:00:09
kathy2008: 金币+15, ★★★很有帮助 2012-04-05 16:37:08
CHOOSE段落写成
$CHOOSE
ALPHA
BOND S 1 3
        S 1 4
        S 1 5
        S 2 6
        S 2 7
END
END
$END
这样由于1 2之间没有了BD，所以CH3和NH2就不会被认为是一个unit了。
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2楼2012-03-13 17:20:38
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vigaryang

木虫 (正式写手)
请教sobereva老师：不需要在LP部分对N的孤对电子进行指定么？
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3楼2012-03-13 19:43:40
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kathy2008

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by sobereva at 2012-03-13 17:20:38:
CHOOSE段落写成
$CHOOSE
ALPHA
BOND S 1 3
        S 1 4
        S 1 5
        S 2 6
        S 2 7
END
END
$END
这样由于1 2之间没有了BD，所以CH3和NH2就不会被认为是一个unit了。

谢谢回复，但运行后，提示
NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS:
Reading $CHOOSE input list.

Error in input of bond orbitals:
Keyword for orbital type is not LONE, BOND, or 3CBOND (read `ALPHA ')
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4楼2012-03-13 19:58:15
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kathy2008

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by sobereva at 2012-03-13 17:20:38:
CHOOSE段落写成
$CHOOSE
ALPHA
BOND S 1 3
        S 1 4
        S 1 5
        S 2 6
        S 2 7
END
END
$END
这样由于1 2之间没有了BD，所以CH3和NH2就不会被认为是一个unit了。

ALPHA在NBO说明书上，针对的是open-shell。也许对这样的中性分子不适合。
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5楼2012-03-13 20:08:47
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kathy2008

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by vigaryang at 2012-03-13 19:43:40:
请教sobereva老师：不需要在LP部分对N的孤对电子进行指定么？

即使对N原子的LP部分进行指定，运行后，出错信息如下
NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS:
Reading $CHOOSE input list.

Error in input of bond orbitals:
Keyword for orbital type is not LONE, BOND, or 3CBOND (read `ALPHA ')
80000  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY Tue Mar 13 21:12:02 2012
问题的关键应该是ALPHA针对的是open-shell。
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6楼2012-03-13 20:14:31
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
zhou2009(金币+2): 2012-03-14 16:50:10
引用回帖:
6楼: Originally posted by kathy2008 at 2012-03-13 20:14:31:
即使对N原子的LP部分进行指定，运行后，出错信息如下
NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS:
Reading $CHOOSE input list.

Error in input of bond orbitals:
Keyword for orbital type is not LONE, BOND, ...

有些NBO版本在CHOOSE这部分是有bug的，即便是闭壳层也必须写ALPHA...END段落，否则不认。
如果你的情况不写ALPHA...END就已经可以识别而写的话反倒不识别，就没必要写它。
LP可以不明确地写出来，会自动搜索。
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7楼2012-03-13 21:49:17
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kathy2008

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by sobereva at 2012-03-13 21:49:17:
有些NBO版本在CHOOSE这部分是有bug的，即便是闭壳层也必须写ALPHA...END段落，否则不认。
如果你的情况不写ALPHA...END就已经可以识别而写的话反倒不识别，就没必要写它。
LP可以不明确地写出来，会自动搜索。

非常感谢sobereva老师。去掉Lone描述后，成功了。
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8楼2012-03-13 22:19:22
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