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kathy2008木虫 (正式写手)
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怎么样用choose把CH3NH2分成两个unit
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在Gamess下编译NBO后，怎么样用choose把CH3NH2分成两个unit。其中一个单位是CH3，另一个单位是NH2，我的输入文件如下。 $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY MULT=1 ICHARG=0 MAXIT=200 COORD=UNIQUE UNITS=ANGS NZVAR=0 NPRINT=7 $END $SYSTEM MEMORY=100000000 $END $SCF CONV=1.0d-8 $END $BASIS GBASIS=N21 NGAUSS=3 $END $NBO $END $DATA ch3nh2 C1 C 6 0.00000000 0.00000000 0.00000000 N 7 0.00000000 0.00000000 1.47000000 H 1 1.02766199 0.00000000 -0.36333296 H 1 -0.51383099 -0.88998139 -0.36333296 H 1 -0.51383099 0.88998139 -0.36333296 H 1 0.47611863 0.82466165 1.80666632 H 1 0.47611863 -0.82466165 1.80666632 $END $CHOOSE LONE 2 1 END BOND S 1 2 S 1 3 S 1 4 S 1 5 S 2 6 S 2 7 END $END 输出的结果总是 NATURAL BOND ORBITALS (Summary): Principal Delocalizations NBO Occupancy Energy (geminal,vicinal,remote) =============================================================================== Molecular unit 1 (CH5N) 1. BD ( 1) C 1- N 2 1.99858 -0.89908 2. BD ( 1) C 1- H 3 1.99860 -0.69181 14(v) 3. BD ( 1) C 1- H 4 1.99399 -0.68892 27(v),26(g) 4. BD ( 1) C 1- H 5 1.99399 -0.68892 28(v),25(g) Donor NBO (i) Acceptor NBO (j) kcal/mol a.u. a.u. =============================================================================== within unit 1 2. BD ( 1) C 1- H 3 14. RY*( 1) N 2 0.84 2.18 0.038 3. BD ( 1) C 1- H 4 26. BD*( 1) C 1- H 5 0.52 1.39 0.024 3. BD ( 1) C 1- H 4 27. BD*( 1) N 2- H 6 3.03 1.37 0.057 4. BD ( 1) C 1- H 5 25. BD*( 1) C 1- H 4 0.52 1.39 0.024 4. BD ( 1) C 1- H 5 28. BD*( 1) N 2- H 7 3.03 1.37 0.057 5. BD ( 1) N 2- H 6 10. RY*( 1) C 1 0.56 1.78 0.028 5. BD ( 1) N 2- H 6 25. BD*( 1) C 1- H 4 2.85 1.51 0.059 6. BD ( 1) N 2- H 7 10. RY*( 1) C 1 0.56 1.78 0.028 6. BD ( 1) N 2- H 7 26. BD*( 1) C 1- H 5 2.85 1.51 0.059 7. CR ( 1) C 1 16. RY*( 3) N 2 0.61 13.11 0.080 7. CR ( 1) C 1 18. RY*( 1) H 3 1.40 11.99 0.116 7. CR ( 1) C 1 19. RY*( 1) H 4 1.55 11.99 0.122 7. CR ( 1) C 1 20. RY*( 1) H 5 1.55 11.99 0.122 8. CR ( 1) N 2 10. RY*( 1) C 1 1.51 16.23 0.140 8. CR ( 1) N 2 12. RY*( 3) C 1 0.84 16.77 0.106 8. CR ( 1) N 2 21. RY*( 1) H 6 0.61 16.26 0.089 8. CR ( 1) N 2 22. RY*( 1) H 7 0.61 16.26 0.089 9. LP ( 1) N 2 24. BD*( 1) C 1- H 3 8.13 1.13 0.086 9. LP ( 1) N 2 25. BD*( 1) C 1- H 4 1.46 1.14 0.037 9. LP ( 1) N 2 26. BD*( 1) C 1- H 5 1.46 1.14 0.037 也就是说没有分成两个unit，不知那个同行有何高见。谢谢。 |
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kathy2008
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即使对N原子的LP部分进行指定，运行后，出错信息如下 NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS: Reading $CHOOSE input list. Error in input of bond orbitals: Keyword for orbital type is not LONE, BOND, or 3CBOND (read `ALPHA ') 80000 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY Tue Mar 13 21:12:02 2012 问题的关键应该是ALPHA针对的是open-shell。 |
6楼2012-03-13 20:14:31
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
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CHOOSE段落写成 $CHOOSE ALPHA BOND S 1 3 S 1 4 S 1 5 S 2 6 S 2 7 END END $END 这样由于1 2之间没有了BD，所以CH3和NH2就不会被认为是一个unit了。 |
2楼2012-03-13 17:20:38
vigaryang
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