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p452_1管理员
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[交流]
交流：对于网友咨询的绝对构型和Friedel对的回答 已有1人参与
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1、Friedel pairs是什么？ 定义：The couple of reflections h, k, l and -h, -k, -l is called a Friedel pair, or Bijvoet pair。反射点h, k, l和它的倒置位置（inversion of the origin）的反射点-h, -k, -l 就定义叫做一个Friedel pair。对于中心对称的晶体结构，Friedel pair是完全等效的，所以在测试和结构解析时候，都选择合并（merge）Friedel pair，不予考虑。但是对于非中心对称的晶体结构，Friedel pair就不是完全等效的，至少在衍射强度上存在差异。这时候就不可以再选择合并（merge）Friedel pair。尤其是手性结构，不合并（not merge）Friedel pair有助于确定比较小的flack parameter。 2、反常散射测绝对构型就是用Friedel pairs的数值吗？[/color] 看网上介绍的好像是这样的。具体做法是： Friedel pairs 数目的确定 在.ins中加merg 3,精修后在CIF中的total reflection number 如 _reflns_number_total 2627 再把merg 3换成MERG 2,精修后在CIF中的total reflection number 如 _reflns_number_total 3762 两者相减, 得到的就是Friedel pairs 的数目. 当你利用反常散射确定绝对构型时, 在CIF中要加 _refine_ls_abs_structure_details 'Flack (1983), XXXX Friedel pairs' 这里的XXXX 用 3762-2627 = 1035来代替. 另外, 在CIF中填加 _chemical_absolute_configuration ad 以表明绝对构型是用反常散射确定的. 参考英文: [An easy way to determine the number of Friedel pairs is to look at the difference between the number of unique reflections used in SHELXL when a MERG2 and MERG 3 instruction is used (MERG 3 forces Friedel pairs to be merged before use).] 3、用Mo靶并且没有重原子的晶体测出的数据里面有没有Friedel pairs？ 应该有Friedel pairs，但是数目比较少，主要是因为衍射比较弱和分辨率不够好。建议对于纯有机化合物使用Cu靶比较好。我一般在测晶体数据时候，如果觉得可能是手性的，在选择衍射数据收集方法时候就选择not merge Friedel pairs. 在结构解析时候，即作XPREP时候，一旦推导出是手性空间群或者非中心对称空间群，下面就要选择not merge Friedel pairs。这样解析，应该对晶体绝对构型的确定有帮助。 [ Last edited by p452_1 on 2012-3-10 at 01:51 ] |
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xujun16
实习版主
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2楼2012-03-10 12:08:48
