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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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莱维

新虫 (初入文坛)

[求助] 郎之万动力学出错

用之前MD跑平衡的构型算郎之万动力学,GMX 里integrator选bd,但是一直LINCS报警,有人说可能是力场不适合郎之万动力学,加了随机力和摩擦力导致重叠。请问这个情况应该怎么解决?
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
莱维(金币+4): 有帮助 2012-03-06 14:14:43
报警提示什么呢?如果重叠的话,力会很大的,直接系统就不可能收敛了。

还有我比较关心你随机力是怎么加的,我做过一年的布朗动力学模拟,对这个还是有点心得的
壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-02-29 15:31:48
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莱维

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by chaizhm at 2012-02-29 15:31:48:
报警提示什么呢?如果重叠的话,力会很大的,直接系统就不可能收敛了。

还有我比较关心你随机力是怎么加的,我做过一年的布朗动力学模拟,对这个还是有点心得的

报错大概就是
X particles communicated to PME node Y are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
我用的GROMACS,里面做郎之万动力学,只能改两个有关参数,一个随机力产生种子,一个摩擦系数。构型是之前MD跑平衡的,怎么会重叠呢。
这个错误只有在摩擦系数设置比较小的时候会出现。
3楼2012-03-06 14:14:25
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