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莱维

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[求助] 郎之万动力学出错

用之前MD跑平衡的构型算郎之万动力学，GMX 里integrator选bd，但是一直LINCS报警，有人说可能是力场不适合郎之万动力学，加了随机力和摩擦力导致重叠。请问这个情况应该怎么解决？

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1楼 2012-02-28 17:25:43

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chaizhm

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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莱维(金币+4): ★有帮助 2012-03-06 14:14:43

报警提示什么呢？如果重叠的话，力会很大的，直接系统就不可能收敛了。

还有我比较关心你随机力是怎么加的，我做过一年的布朗动力学模拟，对这个还是有点心得的

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壁立万仞，无欲则刚

2楼2012-02-29 15:31:48

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莱维

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引用回帖:

楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-29 15:31:48:
报警提示什么呢？如果重叠的话，力会很大的，直接系统就不可能收敛了。

还有我比较关心你随机力是怎么加的，我做过一年的布朗动力学模拟，对这个还是有点心得的

报错大概就是
X particles communicated to PME node Y are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
我用的GROMACS，里面做郎之万动力学，只能改两个有关参数，一个随机力产生种子，一个摩擦系数。构型是之前MD跑平衡的，怎么会重叠呢。
这个错误只有在摩擦系数设置比较小的时候会出现。

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3楼2012-03-06 14:14:25

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