24小时热门版块排行榜

返回列表

莱维

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 39
帖子: 15
在线: 5.7小时
虫号: 1254302
注册: 2011-04-03
专业: 理论和计算化学

[求助] 郎之万动力学出错

用之前MD跑平衡的构型算郎之万动力学，GMX 里integrator选bd，但是一直LINCS报警，有人说可能是力场不适合郎之万动力学，加了随机力和摩擦力导致重叠。请问这个情况应该怎么解决？

回复此楼

» 猜你喜欢

析晶已经有8人回复
本人42，博士刚毕业，现在找不到工作，怎么办？:( 已经有19人回复
河北省自然基金已经有6人回复
博士申请已经有5人回复
26级硕士毕业生求博导收留已经有6人回复
有人投过CCC中国控制会议吗？已经有3人回复
3,4-二羟基苯乙酮如何纯化？已经有5人回复
国基评审已经有10人回复
2026-博士申请已经有4人回复
考研调剂已经有3人回复

1楼 2012-02-28 17:25:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 2
应助: 123 (高中生)
贵宾: 0.25
金币: 4799.9
散金: 139
红花: 13
帖子: 1464
在线: 267.6小时
虫号: 1253209
注册: 2011-04-02
性别: GG
专业: 半导体材料

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
莱维(金币+4): ★有帮助 2012-03-06 14:14:43

报警提示什么呢？如果重叠的话，力会很大的，直接系统就不可能收敛了。

还有我比较关心你随机力是怎么加的，我做过一年的布朗动力学模拟，对这个还是有点心得的

赞一下

回复此楼

壁立万仞，无欲则刚

2楼2012-02-29 15:31:48

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

莱维

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 39
帖子: 15
在线: 5.7小时
虫号: 1254302
注册: 2011-04-03
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

楼: Originally posted by chaizhm at 2012-02-29 15:31:48:
报警提示什么呢？如果重叠的话，力会很大的，直接系统就不可能收敛了。

还有我比较关心你随机力是怎么加的，我做过一年的布朗动力学模拟，对这个还是有点心得的

报错大概就是
X particles communicated to PME node Y are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
我用的GROMACS，里面做郎之万动力学，只能改两个有关参数，一个随机力产生种子，一个摩擦系数。构型是之前MD跑平衡的，怎么会重叠呢。
这个错误只有在摩擦系数设置比较小的时候会出现。

赞一下

回复此楼

3楼2012-03-06 14:14:25

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主莱维的主题更新

返回列表