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年年年2011

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 83.5
帖子: 66
在线: 12.2小时
虫号: 1626444
注册: 2012-02-19
专业: 食品科学基础

[求助] 求助：DGGE新手，基本问题求助，请教各位高手

各位大侠，才开始了解做DGGE，有些问题一直没明白，金币不多，但请多多指教啊，不甚感激！
背景：现在要分析一个未知环境的微生物多态，求其组成
我想请教下几个基本问题：
1.怎么在NCBI上查到细菌16S rDNA的所有通用引物？
2.通用引物最终选择哪一对呢？看到文献有很多对，各自的选择都不一样，一般选择根据什么依据呢？谢谢哈
3.怎么加GC序列，那个是自己用软件算吗？

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1楼2012-02-24 22:32:45

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窗边的小豆豆

新虫 (初入文坛)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 28.5
帖子: 8
在线: 7.8小时
虫号: 1505283
注册: 2011-11-22

引用回帖:

9楼: Originally posted by DGGE at 2012-04-01 10:33:20
引物序列给你，直接在公司合成就可以。

细菌16S rDNA V3 region 194 bp
338F：5-CCT ACG GGA GGC AGC AG-3
518 R：5-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3
GC338F：5-CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGGCGGGGCGGGGGCGCGGGGGG CCT A ...

弱弱的问下，GC夹怎么回事呀？我也是分析细菌的，目前用的引物没有加GC夹，做了好多次，一直分不出来，是引物的问题吗