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leachmond

金虫 (著名写手)

[求助] MS 结构优化的结果不能理解 求高人指点

我研究的是TiO2,先切割一个面,加上真空层之后进行优化以看其稳定性。第一幅是切割并处理好后的一个表面,后面一幅就是优化之后的结果,个人感觉很不妥,为什么一开始在一起,优化完了却分开了,这明显是破坏了晶格结构,但是却不能找出出错的原因。我已经检查,建模、切割所依据的参数都是对的,操作也无误(或者还有隐藏的没有被我发现的错误),故求高人指点,感激不尽

优化之前的



优化之后的



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善于发现别人的优点,并把它转化为自己的长处,你就会成为聪明人;善于把握人生际遇,并把它转化为自己的机遇,你就会成为优秀者。
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yadong80

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-21 08:36:37
leachmond(金币+2): 有帮助 有帮助 如果能在接下来的问题中回答的更详细 加金币奖励 2012-02-21 16:59:42
我不知道你所说的分开是什么意思?你是指在盒子两端都出现了Ti、O原子?如果是这样,我觉得你得看看你目前的表面结构,还是P1对称性吗?你在开始优化的时候,程序是否提醒,可以引入更高的对称性优化计算?而你又点了Yes。
退一步说,你目前的结构也没有什么错误,破坏晶体结构实在危言耸听了,程序只是调整了重复单元的取法,你可以在Display style中选择Lattice,在这个面板下面,调整显示重复单元的数目,然后比较一下优化前后的结构,就能发现这一点。
3楼2012-02-20 23:00:57
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huangll99

木虫 (职业作家)

WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-23 13:56:59
引用回帖:
7楼: Originally posted by leachmond at 2012-02-22 07:25:35:
这个是在模型的基础上沿110方向切割后,加上一个8埃的真空层所构建的表面结构,对其优化,然后还要考察其吸附的效果,不知道你有没有做过相关的。如果有,那么你觉得这个表面切割基层比较合适呢?究竟又有什么好 ...

我只读过一些做表面的文献,一般至少建8层,然后把下面四层固定住用以表示体相,还要把晶胞最下面的原子用氢钝化。你的模型忽略了下面体相原子对表面的作用,所以说算出来肯定有问题。
8楼2012-02-22 09:17:16
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普通回帖

shmilylxc

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-21 08:36:23
我感觉应该是参数设置有问题
2楼2012-02-20 21:43:56
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leachmond

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shmilylxc at 2012-02-20 21:43:56:
我感觉应该是参数设置有问题

说的详细一点儿呗
善于发现别人的优点,并把它转化为自己的长处,你就会成为聪明人;善于把握人生际遇,并把它转化为自己的机遇,你就会成为优秀者。
4楼2012-02-21 16:58:13
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leachmond

金虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yadong80 at 2012-02-20 23:00:57:
我不知道你所说的分开是什么意思?你是指在盒子两端都出现了Ti、O原子?如果是这样,我觉得你得看看你目前的表面结构,还是P1对称性吗?你在开始优化的时候,程序是否提醒,可以引入更高的对称性优化计算?而你又 ...

1、“分开”指的就是优化完了后,原本在一边的原子分到两边了,因为后面还要做吸附,这样没有办法操作,导师说以前的结构优化没有出现过这种情况,所以就觉得错了,让我自己找原因(实际上他也不知道,对MS不是太懂);
2、提交任务时确实有你说的那个提醒,并且我确实是点击了yes。刚刚看了我以前自己做的一些计算(就是自己算着玩的),关于TiO2的101面不同切割位点的计算,同样点击了出现了那个提示,并点了yes,结果大部分都正常,有一个和这次的问题一样——优化后分开了。不知道点击了这个对结果有什么影响?如何矫正?是必须点no,还是说有办法通过一些操作,把这个问题修正过来呢?;
3、“程序只是调整了重复单元的取法,你可以在Display style中选择Lattice,在这个面板下面,调整显示重复单元的数目,然后比较一下优化前后的结构,就能发现这一点。 ” 我和一位同道商量了一下,我们认为优化完之后的结构,其重复单元的取法取决于其相应的参数,既然取法变了,那么一些晶格参数也就变了。可能我们的理解有误,,能不能说的更加详细一些。
善于发现别人的优点,并把它转化为自己的长处,你就会成为聪明人;善于把握人生际遇,并把它转化为自己的机遇,你就会成为优秀者。
5楼2012-02-21 17:19:19
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huangll99

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2012-02-22 08:35:31
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-22 08:36:58
leachmond(金币+2): 有帮助 2012-02-23 22:46:09
首先,你的模型不合理,层数太少,应多建几层。然后把下面几层固定住。
6楼2012-02-21 19:24:11
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leachmond

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by huangll99 at 2012-02-21 19:24:11:
首先,你的模型不合理,层数太少,应多建几层。然后把下面几层固定住。

这个是在模型的基础上沿110方向切割后,加上一个8埃的真空层所构建的表面结构,对其优化,然后还要考察其吸附的效果,不知道你有没有做过相关的。如果有,那么你觉得这个表面切割基层比较合适呢?究竟又有什么好处呢?
善于发现别人的优点,并把它转化为自己的长处,你就会成为聪明人;善于把握人生际遇,并把它转化为自己的机遇,你就会成为优秀者。
7楼2012-02-22 07:25:35
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-23 13:57:24
引用回帖:
5楼: Originally posted by leachmond at 2012-02-21 17:19:19:
1、“分开”指的就是优化完了后,原本在一边的原子分到两边了,因为后面还要做吸附,这样没有办法操作,导师说以前的结构优化没有出现过这种情况,所以就觉得错了,让我自己找原因(实际上他也不知道,对MS不是太 ...

这个分开并没有分开!这是个周期性的体系,只是改变对称性,显示的方式变了而已
嘟啦啦嘟啦啦嘟
9楼2012-02-22 11:05:59
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yadong80

铜虫 (小有名气)

WDD880227(金币+1): 感谢交流提示 2012-02-23 13:57:34
引用回帖:
5楼: Originally posted by leachmond at 2012-02-21 17:19:19:
1、“分开”指的就是优化完了后,原本在一边的原子分到两边了,因为后面还要做吸附,这样没有办法操作,导师说以前的结构优化没有出现过这种情况,所以就觉得错了,让我自己找原因(实际上他也不知道,对MS不是太 ...

点击了yes,就是允许程序自动寻找当前模型满足的对称性,结果就是,程序会给模型添加一个更高的对称性,引入更高的对称性不会对结构本身产生太多影响,我指原子的位置,但是晶胞的选取,就是重复单元的选取,会依据所添加的对称性作调整,所以,确实如你所说,晶胞参数会变化,但是原子位置没变,对于吸附的研究没有明显影响,不过,在表面添加吸附质时会受到模型对称性的影响,最好先Make P1.
10楼2012-02-23 13:19:55
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