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boluomi

银虫 (小有名气)

[求助] 怎么知道interleukin-8(白细胞介素-8) 的结构?

大家好。我是学化学的,对生物很不了解。请问一下,我怎么才能查到interleukin-8(白细胞介素-8 )的分子量、结构等信息呢?
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nach

铜虫 (著名写手)

不让吃就去死

【答案】应助回帖

amisking(金币+4, MolEPI+1): 鼓励积极应助! 2012-02-15 20:24:08
boluomi(金币+5): ★★★很有帮助 2012-02-16 10:14:53
序列

>1IL8:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
SAKELRCQCIKTYSKPFHPKFIKELRVIESGPHCANTEIIVKLSDGRELCLDPKENWVQRVVEKFLKRAENS
>1IL8:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
SAKELRCQCIKTYSKPFHPKFIKELRVIESGPHCANTEIIVKLSDGRELCLDPKENWVQRVVEKFLKRAENS



Number of amino acids: 144

Molecular weight: 16753.5

Theoretical pI: 9.13

Amino acid composition:
Ala (A)   6          4.2%
Arg (R)  10          6.9%
Asn (N)   6          4.2%
Asp (D)   4          2.8%
Cys (C)   8          5.6%
Gln (Q)   4          2.8%
Glu (E)  16         11.1%
Gly (G)   4          2.8%
His (H)   4          2.8%
Ile (I)  10          6.9%
Leu (L)  12          8.3%
Lys (K)  18         12.5%
Met (M)   0          0.0%
Phe (F)   6          4.2%
Pro (P)   8          5.6%
Ser (S)  10          6.9%
Thr (T)   4          2.8%
Trp (W)   2          1.4%
Tyr (Y)   2          1.4%
Val (V)  10          6.9%
Pyl (O)   0          0.0%
Sec (U)   0          0.0%

(B)   0          0.0%
(Z)   0          0.0%
(X)   0          0.0%


Total number of negatively charged residues (Asp + Glu): 20
Total number of positively charged residues (Arg + Lys): 28

Atomic composition:

Carbon      C               744
Hydrogen    H              1206
Nitrogen    N               212
Oxygen      O               211
Sulfur      S                 8

Formula: C744H1206N212O211S8
Total number of atoms: 2381

Extinction coefficients:

Extinction coefficients are in units of  M-1 cm-1, at 280 nm measured in water.

Ext. coefficient    14480
Abs 0.1% (=1 g/l)   0.864, assuming all pairs of Cys residues form cystines


Ext. coefficient    13980
Abs 0.1% (=1 g/l)   0.834, assuming all Cys residues are reduced

Estimated half-life:

The N-terminal of the sequence considered is S (Ser).

The estimated half-life is: 1.9 hours (mammalian reticulocytes, in vitro).
                            >20 hours (yeast, in vivo).
                            >10 hours (Escherichia coli, in vivo).


Instability index:

The instability index (II) is computed to be 26.99
This classifies the protein as stable.



Aliphatic index: 83.89

Grand average of hydropathicity (GRAVY): -0.572





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不让吃就去死
3楼2012-02-15 20:00:16
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查看全部 4 个回答

nach

铜虫 (著名写手)

不让吃就去死

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
下载一个pymol 或者wincoot
http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1IL8
你要的信息什么都有了
不让吃就去死
2楼2012-02-15 19:54:38
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boluomi

银虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by nach at 2012-02-15 20:00:16:
序列

>1IL8:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
SAKELRCQCIKTYSKPFHPKFIKELRVIESGPHCANTEIIVKLSDGRELCLDPKENWVQRVVEKFLKRAENS
>1IL8:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
SAKELRCQCIKTYSKPFHPKFIKELRVIESGPHCANTEIIVKLSDGREL ...

非常感谢!!
4楼2012-02-16 10:12:30
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