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461018249木虫 (小有名气)
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如何在计算机群上安装G09
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RT，我们实验室想在计算机群上装G09，安装方法和在单个计算机上有什么不同？具体怎么安装的，linux系统，现在已经有G03了，想同时存在G03和G09，请各位大侠指点 [ Last edited by cenwanglai on 2012-2-12 at 16:51 ] |
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 计算 |
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461018249
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zhangguangping
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zzy870720z: 金币+3, BB奖励 2012-04-01 16:02:34
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不知道楼主的G09软件包是不是已经编译好的。就是说解压完了之后，主程序目录里面有没有exe的文件。估计你手里的一般是编译好的。因为据我所知，高斯对大陆是不卖源代码的。 下面假设你手里是编译好的G09,针对这种情况，安装非常简单，直接将压缩包解压到你想放置的目录里面，然后对目录修改权限，注意，这一点非常重要，高斯只对所有者和所属组权限开放，如果对所有者和所属组之外的用户开放，高斯是不运行的。 鉴于你问具体的命令，那么就说一下具体的操作步骤： 1.拷贝g09的压缩包文件到你想安装且有权限的目录下面，不论是不是root用户，这个都无所谓。然后解压压缩包： 如果是tar结尾或者tar.gz结尾的压缩包： tar zxvf g09.tar 如果是tar.bz2结尾的压缩包： tar jxvf g09.tar.bz2 这个地方你可以试试，反正参数上就是一个z一个j的差别。前提是你的压缩包在上传的过程中没有传输错误。 2.修改解压后的目录的权限。假设解压后目录是g09 你可以通过命令ll看一下g09目录的权限，既然你说了，g03安装好了，那么你就将g09解压到g03所在的目录就行。然后比照着g03的目录权限,设置上。 chmod 750 g09 这样就可以将g09目录的权限设置好了。所有者和组外的用户没有权限了。 下一步就是将其所属的组改为你现在的组，假设你的组是users, 运行chgrp -R users g09 这个地方到底是users还是别的，你可以比照着g03的所属组来，比如我ll之后 drwxr-x--- 5 root gaussian 4192 2009-08-30 06:32 g09 g09的所属组是gaussian，所有属于这个组的成员够可以用g09. 3.做好上面这些基本就完成了。下面对用户环境设置。你提到两者同时能用，如果任务的提交不是基于PBS，一般不可能的。一个shell只能有一个高斯版本能用。当然，除非你修改高斯环境设置的脚本，那样的话就复杂多了，起码我没那样做过。不过要想同时用两种版本的高斯，你可以这样解决。 将高斯环境设置的部分，不要写到你的环境变量文件里面去，而是分别写到两个普通文件中去。想用哪个版本，就运行一个哪个版本的变量设置文件，这样就可以用了。如果想用另外一个版本，就另外启动一个shell，然后去运行一下那个版本的变量设置文件。 例如： 高斯09的环境变量设置： # Gaussian09 # export g09root=/usr/local/software PATH=$g09root/g09:$PATH export PATH source $g09root/g09/bsd/g09.profile # # End of Gaussian09 存成G09文件，里面你需要修改的地方只是：/usr/local/software替换为你现在的g09所在的目录，然后给这个文件添加上执行属性： chmod +x G09 高斯03的环境变量设置： # Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of Gaussian03 存为G03文件，给这个文件添加上执行属性： chmod +x G09 修改的内容同上。但是，你说过你的g03是可以用的，说明g03的环境变量已经设置好了，如果是设置到了你的用户环境变量文件去了，你需要从你的环境变量文件（~/.bashrc文件中）中将其去掉相应的部分，如果是管理员给你设置到了所有用户的环境变量文件（/etc/profile文件中），你可以利用命令 cat ~/.bashrc 和 cat /etc/profile 来检查一下到底设置到了哪个文件中，如果是后者，需要管理员协助将其从那个文件中去掉g03的设置。如果是前者，那么自己来做就行了。 4.到此为止，所有设置完成了。可以重新开启一个shell，去看看能不能用了。 首先进入shell后先检查一下g03,g09命令可用不（期望是不可用） which g03 which g09 如果没有返回来一个具体的目录地址，说明两个命令不可用。 如果你想用g03，到G03文件所在目录执行 ./G03 或者直接 /G03目录的地址/G03 这个时候再which g03 就会给出g03的目录地址了。 如果想用g09,那么重新开一个shell，对G09做类似于G03的操作即可。 如果你的任务作业是基于PBS提交任务，那么环境变量的设置就不用提前做了，可以在任务运行的时候，有PBS脚本为你做这个，也就说上面的两个环境变量设置可以直接放到PBS任务脚本里面。这个时候环境参数的设置是针对于某一个任务的。 比如一个任务脚本是： #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of Gaussian03 mkdir -p /tmp/$USER/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$USER/$PBS_JOBID cd /tmp/$USER/$PBS_JOBID g03 test.gjf cp -r /tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$USER/$PBS_JOBID 中添加上你想用的高斯版本的环境设置内容，前面讲的所有的环境设置都可以免了。 希望对你有帮助。 |
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woxiangfei5楼2012-02-12 14:05:28
