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461018249

木虫 (小有名气)

[求助] 如何在计算机群上安装G09

RT，我们实验室想在计算机群上装G09，安装方法和在单个计算机上有什么不同？具体怎么安装的，linux系统，现在已经有G03了，想同时存在G03和G09，请各位大侠指点

[ Last edited by cenwanglai on 2012-2-12 at 16:51 ]
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1楼 2012-02-08 12:15:07
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回帖置顶 ( 共有1个 )

zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai(计算强帖+1): 2012-02-12 16:52:35
461018249(金币+30): ★★★★★最佳答案 谢谢 非常的谢谢 2012-02-13 09:14:23
461018249(金币+18): ★★★★★最佳答案 2012-02-13 09:15:23
zzy870720z: 金币+3, BB奖励 2012-04-01 16:02:34
不知道楼主的G09软件包是不是已经编译好的。就是说解压完了之后，主程序目录里面有没有exe的文件。估计你手里的一般是编译好的。因为据我所知，高斯对大陆是不卖源代码的。
下面假设你手里是编译好的G09,针对这种情况，安装非常简单，直接将压缩包解压到你想放置的目录里面，然后对目录修改权限，注意，这一点非常重要，高斯只对所有者和所属组权限开放，如果对所有者和所属组之外的用户开放，高斯是不运行的。
鉴于你问具体的命令，那么就说一下具体的操作步骤：
1.拷贝g09的压缩包文件到你想安装且有权限的目录下面，不论是不是root用户，这个都无所谓。然后解压压缩包：
如果是tar结尾或者tar.gz结尾的压缩包：
tar zxvf g09.tar
如果是tar.bz2结尾的压缩包：
tar jxvf g09.tar.bz2
这个地方你可以试试，反正参数上就是一个z一个j的差别。前提是你的压缩包在上传的过程中没有传输错误。
2.修改解压后的目录的权限。假设解压后目录是g09
你可以通过命令ll看一下g09目录的权限，既然你说了，g03安装好了，那么你就将g09解压到g03所在的目录就行。然后比照着g03的目录权限,设置上。
chmod 750 g09
这样就可以将g09目录的权限设置好了。所有者和组外的用户没有权限了。
下一步就是将其所属的组改为你现在的组，假设你的组是users,
运行chgrp -R users g09
这个地方到底是users还是别的，你可以比照着g03的所属组来，比如我ll之后
drwxr-x--- 5 root gaussian 4192 2009-08-30 06:32 g09
g09的所属组是gaussian，所有属于这个组的成员够可以用g09.
3.做好上面这些基本就完成了。下面对用户环境设置。你提到两者同时能用，如果任务的提交不是基于PBS，一般不可能的。一个shell只能有一个高斯版本能用。当然，除非你修改高斯环境设置的脚本，那样的话就复杂多了，起码我没那样做过。不过要想同时用两种版本的高斯，你可以这样解决。
将高斯环境设置的部分，不要写到你的环境变量文件里面去，而是分别写到两个普通文件中去。想用哪个版本，就运行一个哪个版本的变量设置文件，这样就可以用了。如果想用另外一个版本，就另外启动一个shell，然后去运行一下那个版本的变量设置文件。
例如：
高斯09的环境变量设置：
# Gaussian09
#
export g09root=/usr/local/software
PATH=$g09root/g09:$PATH
export PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
#
# End of Gaussian09
存成G09文件，里面你需要修改的地方只是：/usr/local/software替换为你现在的g09所在的目录，然后给这个文件添加上执行属性：
chmod +x G09

高斯03的环境变量设置：
# Gaussian03
#
export g03root=/usr/local/software
PATH=$g03root/g03:$PATH
export PATH
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
#
# End of Gaussian03
存为G03文件，给这个文件添加上执行属性：
chmod +x G09
修改的内容同上。但是，你说过你的g03是可以用的，说明g03的环境变量已经设置好了，如果是设置到了你的用户环境变量文件去了，你需要从你的环境变量文件（~/.bashrc文件中）中将其去掉相应的部分，如果是管理员给你设置到了所有用户的环境变量文件（/etc/profile文件中），你可以利用命令
cat ~/.bashrc
和
cat /etc/profile

来检查一下到底设置到了哪个文件中，如果是后者，需要管理员协助将其从那个文件中去掉g03的设置。如果是前者，那么自己来做就行了。
4.到此为止，所有设置完成了。可以重新开启一个shell，去看看能不能用了。
首先进入shell后先检查一下g03,g09命令可用不（期望是不可用）
which g03
which g09
如果没有返回来一个具体的目录地址，说明两个命令不可用。
如果你想用g03，到G03文件所在目录执行
./G03
或者直接
/G03目录的地址/G03
这个时候再which g03
就会给出g03的目录地址了。

如果想用g09,那么重新开一个shell，对G09做类似于G03的操作即可。

如果你的任务作业是基于PBS提交任务，那么环境变量的设置就不用提前做了，可以在任务运行的时候，有PBS脚本为你做这个，也就说上面的两个环境变量设置可以直接放到PBS任务脚本里面。这个时候环境参数的设置是针对于某一个任务的。
比如一个任务脚本是：
#!/bin/sh
#PBS -N Gaussian
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe

# Gaussian03
#
export g03root=/usr/local/software
PATH=$g03root/g03:$PATH
export PATH
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
#
# End of Gaussian03

mkdir -p /tmp/$USER/$PBS_JOBID

cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$USER/$PBS_JOBID

cd /tmp/$USER/$PBS_JOBID

g03 test.gjf

cp -r /tmp/$USER/$PBS_JOBID/*  $PBS_O_WORKDIR

rm -rf /tmp/$USER/$PBS_JOBID
中添加上你想用的高斯版本的环境设置内容，前面讲的所有的环境设置都可以免了。

希望对你有帮助。
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woxiangfei
弘德明志博学笃行
5楼2012-02-12 14:05:28
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普通回帖

风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
461018249(金币+2): ★有帮助 2012-02-08 18:59:51
1）如果想实现并行，就要做并行编译
2）同时存在没问题啊
赞一下 回复此楼
九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
2楼2012-02-08 15:54:36
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461018249

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 风间的记忆 at 2012-02-08 15:54:36:
1）如果想实现并行，就要做并行编译
2）同时存在没问题啊

谢谢   我想知道具体的怎么安装  命令
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3楼2012-02-08 19:00:37
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2012-03-03 10:23:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by 461018249 at 2012-02-08 19:00:37:
谢谢   我想知道具体的怎么安装  命令

太复杂了
不同的集群 网络环境 配置不同的编译器 函数库 等等
都会不同
最好自己百度下
赞一下 回复此楼
九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
4楼2012-02-09 11:19:01
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
ben_ladeng(金币+2): 谢谢提示啦 2012-02-14 12:12:08
关于同时使用不同版本的Gaussian的详细做法可以参考：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4101506&fpage=1
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弘德明志博学笃行
6楼2012-02-12 16:26:01
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woxiangfei

木虫 (文坛精英)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-02-12 14:05:28:
不知道楼主的G09软件包是不是已经编译好的。就是说解压完了之后，主程序目录里面有没有exe的文件。估计你手里的一般是编译好的。因为据我所知，高斯对大陆是不卖源代码的。
下面假设你手里是编译好的G09,针对这种 ...

非常感谢
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7楼2012-03-30 17:25:02
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bestqsy

金虫 (小有名气)
zhangguangping ，牛人！！赞一个
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8楼2012-04-01 08:25:32
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mika

金虫 (正式写手)

纳米宝贝
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-02-12 14:05:28
不知道楼主的G09软件包是不是已经编译好的。就是说解压完了之后，主程序目录里面有没有exe的文件。估计你手里的一般是编译好的。因为据我所知，高斯对大陆是不卖源代码的。
下面假设你手里是编译好的G09,针对这种情 ...

Hi，你好，我是从网上下载了g09，设置好了环境变量，source了一下，可是我不知道该怎么写pbs脚本提交任务，你看我这样写对不对：

#!/bin/sh
#PBS -q route
#PBS -N job_name
#PBS -o output
#PBS -e error
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l ncpus=2
#PBS -V

cd $PBS_O_WORKDIR
/home/hitqx/g09/g09 < caff.gjf | tee myoutput
谢谢啦
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9楼2013-01-21 11:50:04
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alystone

新虫 (初入文坛)
感谢二楼
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10楼2014-09-03 09:10:15
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