| 查看: 1606 | 回复: 1 | ||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||
[交流]
compass 或pcff力场是否隐式计算hydrogen bond？
|
||||
|
虽然compass或pcff 力场不能像dreiding力场那样显示计算hydrogen bond ,但是是否compass 与pcff力场已经隐式计算了氢键，只是没有给出显示。还有就是用dreiding 水溶液的动力学NPT，平衡密度不理想，谢谢指导！ 在线等，谢谢！ [ Last edited by pinkrose on 2012-2-8 at 10:52 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MOFs 相关 |
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有7人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有8人回复
-
国自然评审意见
已经有17人回复
-
我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 这个审稿意见如何回答（HOMO能级计算方面）？
已经有29人回复
- 计算晶体的能带谱图发现了一个很奇怪的现象
已经有9人回复
- International Journal of Hydrogen Energy投稿求助
已经有17人回复
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- 计算玻璃是否能被钢化
已经有4人回复
- 请教关于materials studio建模和OPLS力场
已经有7人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- int hydrogen energy最近编辑很磨机啊，郁闷
已经有6人回复
- 【求助】material studio的discover模块（compass 力场）计算缺少某个特殊键的参数，�
已经有7人回复
- 【求助】isif=2是否允许改变元胞体积
已经有7人回复
★ ★ ★ ★ ★ ★
pinkrose(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-08 18:57:34
pinkrose(金币+9): 2012-02-09 09:54:42
pinkrose(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-08 18:57:34
pinkrose(金币+9): 2012-02-09 09:54:42
| COMPASS的势函数是不是包含了氢键项，要看MaterialsStudio帮助信息中关于COMPASS力场的函数部分的描述。据我所知，COMPASS是不包括氢键函数势的，即不显式计算氢键项。但这并不意味着COMPASS不能处理，或者处理不好氢键作用，氢键作用无非是给体的质子与受体原子之间的强烈静电吸引，因此，把质子和受体相应负电原子的电荷调大即可。比如，一般氢原子的电荷小于0.18，而水的氢原子电荷大约0.42，这就可以成氢键咯。这种处理氢键的方式有个短处，即对氢键的方向性处理的不好。因为负受体的负电原子上并没有带方向性的显式的孤对电子，故受体在各个方向均与给体成同等作用。那这样会不会与实际的氢键有很大的偏差？不会，因为有vdw排斥和立体位阻效应，氢键的方向性和饱和性还是能够较好的符合实际情况的。这也就是为什么大部分力场都不显含氢键项，没有太大用处嘛。反而会给参数拟合带来大量的不必要的麻烦。 |
2楼2012-02-08 18:16:47
投票:
30