应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » compass 或pcff力场是否隐式计算hydrogen bond？
11/1返回列表
查看: 1644  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
pinkrose(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-08 18:57:34
pinkrose(金币+9): 2012-02-09 09:54:42
COMPASS的势函数是不是包含了氢键项，要看MaterialsStudio帮助信息中关于COMPASS力场的函数部分的描述。据我所知，COMPASS是不包括氢键函数势的，即不显式计算氢键项。但这并不意味着COMPASS不能处理，或者处理不好氢键作用，氢键作用无非是给体的质子与受体原子之间的强烈静电吸引，因此，把质子和受体相应负电原子的电荷调大即可。比如，一般氢原子的电荷小于0.18，而水的氢原子电荷大约0.42，这就可以成氢键咯。这种处理氢键的方式有个短处，即对氢键的方向性处理的不好。因为负受体的负电原子上并没有带方向性的显式的孤对电子，故受体在各个方向均与给体成同等作用。那这样会不会与实际的氢键有很大的偏差？不会，因为有vdw排斥和立体位阻效应，氢键的方向性和饱和性还是能够较好的符合实际情况的。这也就是为什么大部分力场都不显含氢键项，没有太大用处嘛。反而会给参数拟合带来大量的不必要的麻烦。
赞一下(4人) 回复此楼
2楼2012-02-08 18:16:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 pinkrose 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭