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compass 或pcff力场是否隐式计算hydrogen bond？
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虽然compass或pcff 力场不能像dreiding力场那样显示计算hydrogen bond ,但是是否compass 与pcff力场已经隐式计算了氢键，只是没有给出显示。还有就是用dreiding 水溶液的动力学NPT，平衡密度不理想，谢谢指导！ 在线等，谢谢！ [ Last edited by pinkrose on 2012-2-8 at 10:52 ] |
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pinkrose(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-08 18:57:34
pinkrose(金币+9): 2012-02-09 09:54:42
pinkrose(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-08 18:57:34
pinkrose(金币+9): 2012-02-09 09:54:42
| COMPASS的势函数是不是包含了氢键项，要看MaterialsStudio帮助信息中关于COMPASS力场的函数部分的描述。据我所知，COMPASS是不包括氢键函数势的，即不显式计算氢键项。但这并不意味着COMPASS不能处理，或者处理不好氢键作用，氢键作用无非是给体的质子与受体原子之间的强烈静电吸引，因此，把质子和受体相应负电原子的电荷调大即可。比如，一般氢原子的电荷小于0.18，而水的氢原子电荷大约0.42，这就可以成氢键咯。这种处理氢键的方式有个短处，即对氢键的方向性处理的不好。因为负受体的负电原子上并没有带方向性的显式的孤对电子，故受体在各个方向均与给体成同等作用。那这样会不会与实际的氢键有很大的偏差？不会，因为有vdw排斥和立体位阻效应，氢键的方向性和饱和性还是能够较好的符合实际情况的。这也就是为什么大部分力场都不显含氢键项，没有太大用处嘛。反而会给参数拟合带来大量的不必要的麻烦。 |
2楼2012-02-08 18:16:47