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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！
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凌-强

银虫 (小有名气)

[求助] 细菌多样性，构建系统进化树中如何选择outgroup？急！！！！！！！

大侠们：
    小弟目前遇到的问题，我做的是肠道细菌多样性，在构建系统进化树的时候，用的是MEGA4.0，采用N-J法，需要选择一个outgroup，这个到底该怎么选择？我是一点头绪都不清楚，由于我的文章已经是处于返修了，所以很紧急，希望有人能帮我解决这个问题。
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1楼 2012-01-13 09:38:09
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wangyanlinx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问楼主现在知道怎么选择外群了吧 可否指点一下啊  我也是做细菌16sRNA的， 拿到很多菌株，测序后都是一样的，然后NCBI后找到了百分百的同种菌，然后想根据这个建一个系统发育树，可是不知道怎么选外群，而且目前没有外群的树支持率不高，什么原因呢？
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15楼2012-10-07 22:56:09
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sunlblove

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mega里没看见有这个参数呀  或许我没有找到，恭喜楼主啊  希望贴上 后续
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2楼2012-01-13 10:39:00
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痴客

木虫 (正式写手)

吃货250

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:10
outgroup？不知道是不是说的bootstrap，如果是这个，参数值是1000，自己是这么做的
赞一下(1人) 回复此楼
因为这个世界上这么多的狼，我这只牧羊犬只好放弃我的温顺，向着这个世界放出最耀眼的光。
3楼2012-01-13 21:44:46
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国青lihe

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:18
outgroup就是外群，选择和你的序列相近的种作为外群构建系统发育树！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-01-13 23:09:37
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