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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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凌-强

银虫 (小有名气)

[求助] 细菌多样性,构建系统进化树中如何选择outgroup?急!!!!!!!

大侠们:
    小弟目前遇到的问题,我做的是肠道细菌多样性,在构建系统进化树的时候,用的是MEGA4.0,采用N-J法,需要选择一个outgroup,这个到底该怎么选择?我是一点头绪都不清楚,由于我的文章已经是处于返修了,所以很紧急,希望有人能帮我解决这个问题。
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sunlblove

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

看了几篇文献,弄清楚什么是OUTGTOUP了,但是关于如何选择的问题,个人觉得去决定于你的目的,如果是为了说明你的物种的进化关系,可以适当的选择与其不在一起进化的物种比如 做鲍鱼可以选择哺乳类或者鸟类
如果单纯为了你的图好看,有这么一栏外群,可以随便选吧  我觉得  欢迎吐槽 哈哈
14楼2012-02-10 15:45:03
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sunlblove

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
mega里没看见有这个参数呀  或许我没有找到,恭喜楼主啊  希望贴上 后续
2楼2012-01-13 10:39:00
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痴客

木虫 (正式写手)

吃货250

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:10
outgroup?不知道是不是说的bootstrap,如果是这个,参数值是1000,自己是这么做的
因为这个世界上这么多的狼,我这只牧羊犬只好放弃我的温顺,向着这个世界放出最耀眼的光。
3楼2012-01-13 21:44:46
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国青lihe

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
rainwander(金币+1): 鼓励交流 2012-01-16 09:17:18
outgroup就是外群,选择和你的序列相近的种作为外群构建系统发育树!
4楼2012-01-13 23:09:37
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