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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » list 文件中关于氢键的问题
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471276585

金虫 (正式写手)

[求助] list 文件中关于氢键的问题

N2-H2A         0.890    2.938   142.25    3.682    I5 [ x, -y, z-1/2 ]

N2-H2B         0.890    3.148   128.38    3.766    I7 [ x, y, z-1 ]

N2-H2C         0.890

N4-H4A         0.890    3.262   127.21    3.866    I5 [ x, -y, z-1/2 ]

N4-H4B         0.890

N4-H4C         0.890

N5-H5A         0.860    2.935   142.86    3.657    I10 [ x, y, z-1 ]

O1-H1          0.791
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O1:
------------------------------------------------------------------------------

O1-H15         0.793


想问一下中间几行就前面有后面没有氢键的受体，这个怎么解决，有什么问题么？
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1楼 2012-01-03 16:46:26
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471276585

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yytsnake at 2012-01-03 18:59:39:
checkCIF,看看有没有与其相关的错误提示。没有，就不要管它了。若有就需要看看它周围的相关原子谁能接受该H原子，形成合理的H键。

这个是CHECKcif后的错误，您能帮我看看问题所在吗
PLAT415_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-X       H1     ..  H19A    ..       1.97 Ang.
PLAT415_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-X       H1     ..  H19A    ..       1.97 Ang.
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O1     -   H1     ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O1     -   H15    ...          ?
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3楼2012-01-04 09:20:01
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
471276585(金币+3): 谢谢，checkcif后水的H找不见氢键的受体 2012-01-04 09:21:05
checkCIF,看看有没有与其相关的错误提示。没有，就不要管它了。若有就需要看看它周围的相关原子谁能接受该H原子，形成合理的H键。
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2楼2012-01-03 18:59:39
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 471276585 at 2012-01-04 09:20:01:
这个是CHECKcif后的错误，您能帮我看看问题所在吗
PLAT415_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-X       H1     ..  H19A    ..       1.97 Ang.
PLAT415_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-X       H1     ..  H19A    ...

好象需要调整H1或H19A的位置，使它们远离，不再指向同一个点的方向。
H15也一样需要调整方向吧。
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4楼2012-01-04 09:44:36
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