24小时热门版块排行榜    

查看: 381  |  回复: 1

虫尾巴

金虫 (正式写手)

小木虫科研闷骚男联盟盟主

[求助] 求高手指导,三分子体系几何结构优化

要做反应机理分析,优化反应物结构,有分子筛,乙烯,苯三个分子,分子筛是催化剂,选用4T团簇。
优化几何结构时总是不收敛,即使gaussian job完成了,结构也和文献中的相差甚远。不清楚到底是怎么回事。同样的体系,有的文献说固定了分子筛的部分坐标,有的文献说先找的过渡态,然后向前找的反应物结构,我也曾尝试过固定分子筛,但是优化出来还是不一样,找过渡态有些难,总是计算终止。
现在我的理解是:几何结构优化的初猜结构建的不好,没有处理好分子之间的距离和角度。
很无奈,求高手指点一下,有多个反应分子这样的体系,一般进行几何结构优化的时候,关键问题是什么,最容易犯什么错误?
下面是我优化后结构与文献中结构的对比。我优化的结构,苯分子总是被挤到分子筛边缘。。。

我滴结果



文献滴结构
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

海纳百川,有容乃大;壁立千仞,无欲则刚。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

虫尾巴

金虫 (正式写手)

小木虫科研闷骚男联盟盟主

乙烯和苯应该是共吸附在分子筛上的,苯环应该是吸附于分子筛的上方,苯环上的氢与分子筛上的氧应该有弱相互作用的。但我优化后的结构显示,分子筛末端硅原子上的氢,与苯环的上的碳形成了较强的相互作用。这显然不对。因为文献中苯环上的氢,进攻的是分子筛上的氧原子。。。哎。。。怎么优化都是苯环被边缘硅原子上的氢吸引过去了。
    曾经优化到比较好的结构,并且在这个好的结构附近振荡了一段时间,但最后苯环还是脱离那个位置,被挤到了边儿上。真不知道咋整了。。。
海纳百川,有容乃大;壁立千仞,无欲则刚。
2楼2011-12-28 11:10:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 虫尾巴 的主题更新
信息提示
请填处理意见