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78tengfei

金虫 (小有名气)

龙潜深渊

[求助] dmol相关问题交流学习

大家好,小弟初学dmol,在计算的过程中有些问题搞得不是很清楚,还希望得到各位大侠和高手的指导。
(1):关于盒子的处理
结构优化的过程中,到底要不要点上optimized cell,点上的话能量曲线震荡很厉害,不点的话不能保证初始盒子的正确性。能量曲线到底能不能出现大幅度震荡呢?
(2):关于模型建立问题
石墨烯建模的过程中,有“切晶面”,“删除石墨层”和“独立建胞”(建立P183的晶胞,加C原子)三种,三种模型建立后差距大不大,那一种方法更实用呢
(3):关于结果的可信度方面,比如说键长误差在多大属于正常呢
(4):关于基组的问题,GGA下计算,子基组该如何选择呢,网上有人建议PBE比较可靠,不知道大家如何选择
(5)能带图和dos图的画法,也是目前我最头疼的问题
首先是计算能带时所选取的路径,我是按照石墨的路径(去掉Z轴上的点)取得,但具体如何取点,是否能否再增加取点的个数,我搞得不是很清楚,请高手赐教。
此外,能带图和dos图后期在origin是如何处理的呢(ps,我相信不止一个人为这个问题头疼)
附图是我做的能带图和dos图(ms截图)与文章中的对比

能带方面:文章中提供的导带和价带差不多是对称的,而我计算的价带为什么在费米能级左右
DOS曲线方面,也感觉和文章差距很大。
我算的结果是不是正常,如果要修改的话,是参数问题,还是后期origin处理的问题,此外,能带和dos分析方面该如何分析呢,主要看哪几个参数?
能带分析和dos分析方面,我是新手,还希望有高人指点。
(6)如何判断结构优化后的结构是否稳定
首先是能量曲线,是不是能量曲线要平缓下降不出现震荡,结果才是可信的?
还有,很多人提到过虚频的问题,结构优化过后,到底要不要计算frequency呢?
(7)关于charge的问题
结构优化完之后,如何计算charge,使用modify charge还是要计算性质?
(8)关于reaction coordinate
以该图为例,图中的1点是怎么找到的,在dmol TSsearch里面如何实现的呢?
初学dmol,问题较多,还请各位高手赐教,也希望和大家多多交流。

文章中给出的能带图和态密度图



小弟ms的能带截图



dos截图



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[ Last edited by 78tengfei on 2011-12-22 at 09:29 ]
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fzx2008

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang(金币+2): 多谢指教 2011-12-26 09:08:16
78tengfei(金币+5): ★★★很有帮助 2011-12-27 08:48:28
78tengfei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-01 14:27:57
1.不知道你这个地方的盒子指的是什么?一般来说,在算单个原子、分子、团簇并且使用平面波方法的时候,都是扩成周期性,就是一般常说的big box,这个时候box的形状和大小是不需要优化的。若是普通晶体单胞是需要勾选optimized cell进行优化的。

2.石墨烯建模,只要保证建出来是具有物理意义的石墨烯模型,都是可行的,比较通用的做法是从石墨单胞中删掉一层。然后c方向设定成所需的“真空层”。若做吸附或掺杂,ab平面也需扩展成如3*3等等。

3.DFT计算误差,一般来说,2%,仅供参考,可以多调研同领域的文献

4.基组,这儿我看称泛函跟合适点,具体用哪种要看体系或者参考文献或者分别计算比较,没有一定可靠的。只是PBE大家用的多点,但不是绝对的。

5."文章中给出的能带图和态密度图"这是石墨烯的能带图吗?我看应该不是的,单纯石墨烯应该没有gap才。

先写这么多,仅供参考,节日快乐!
7楼2011-12-25 20:04:12
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78tengfei

金虫 (小有名气)

龙潜深渊

额,为啥没有人回复呢
2楼2011-12-23 15:38:52
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lwg020810

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2011-12-23 22:17:07
78tengfei(金币+10): ★★★很有帮助 2011-12-24 09:11:24
fzx2008(金币+1): 谢谢指教 2011-12-25 16:42:59
78tengfei: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-01 14:27:09
78tengfei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-04 08:59:11
我回答第5个问题:
你做的能带图的价带顶和导带底与文献蛮相似的,往上部分应该是empty band选择与文献不一样吧,往下,有可能是k点的选择不一样造成的;
DOS图的趋势也基本一样,但文献做DOS时,smearing值可能比你的小吧;
至于文献中Fermi level在禁带中,那是手动调整的结果,本征半导体的Fermi level位于价带顶和导带底的中间位置。
一点愚见,仅供参考
3楼2011-12-23 21:57:22
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78tengfei

金虫 (小有名气)

龙潜深渊

引用回帖:
: Originally posted by lwg020810 at 2011-12-23 21:57:22:
我回答第5个问题:
你做的能带图的价带顶和导带底与文献蛮相似的,往上部分应该是empty band选择与文献不一样吧,往下,有可能是k点的选择不一样造成的;
DOS图的趋势也基本一样,但文献做DOS时,smearing值可能 ...

前辈,这样的,K点的话,我是按照文章设置的,empty band您能再详细说下吗?谢谢
4楼2011-12-24 09:13:36
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