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78tengfei

金虫 (小有名气)

龙潜深渊

[求助] dmol相关问题交流学习

大家好，小弟初学dmol，在计算的过程中有些问题搞得不是很清楚，还希望得到各位大侠和高手的指导。
（1）：关于盒子的处理
结构优化的过程中，到底要不要点上optimized cell，点上的话能量曲线震荡很厉害，不点的话不能保证初始盒子的正确性。能量曲线到底能不能出现大幅度震荡呢？
（2）：关于模型建立问题
石墨烯建模的过程中，有“切晶面”，“删除石墨层”和“独立建胞”（建立P183的晶胞，加C原子）三种，三种模型建立后差距大不大，那一种方法更实用呢
（3）：关于结果的可信度方面，比如说键长误差在多大属于正常呢
（4）：关于基组的问题，GGA下计算，子基组该如何选择呢，网上有人建议PBE比较可靠，不知道大家如何选择
（5）能带图和dos图的画法，也是目前我最头疼的问题
首先是计算能带时所选取的路径，我是按照石墨的路径（去掉Z轴上的点）取得，但具体如何取点，是否能否再增加取点的个数，我搞得不是很清楚，请高手赐教。
此外，能带图和dos图后期在origin是如何处理的呢（ps，我相信不止一个人为这个问题头疼）
附图是我做的能带图和dos图（ms截图）与文章中的对比

能带方面：文章中提供的导带和价带差不多是对称的，而我计算的价带为什么在费米能级左右
DOS曲线方面，也感觉和文章差距很大。
我算的结果是不是正常，如果要修改的话，是参数问题，还是后期origin处理的问题，此外，能带和dos分析方面该如何分析呢，主要看哪几个参数？
能带分析和dos分析方面，我是新手，还希望有高人指点。
（6）如何判断结构优化后的结构是否稳定
首先是能量曲线，是不是能量曲线要平缓下降不出现震荡，结果才是可信的？
还有，很多人提到过虚频的问题，结构优化过后，到底要不要计算frequency呢？
（7）关于charge的问题
结构优化完之后，如何计算charge，使用modify charge还是要计算性质？
（8）关于reaction coordinate
以该图为例，图中的1点是怎么找到的，在dmol TSsearch里面如何实现的呢？
初学dmol，问题较多，还请各位高手赐教，也希望和大家多多交流。

文章中给出的能带图和态密度图



小弟ms的能带截图



dos截图



反应路径

[ Last edited by 78tengfei on 2011-12-22 at 09:29 ]
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1楼2011-12-22 09:27:16
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78tengfei

金虫 (小有名气)

龙潜深渊
额，为啥没有人回复呢
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2楼2011-12-23 15:38:52
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lwg020810

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢指教 2011-12-23 22:17:07
78tengfei(金币+10): ★★★很有帮助 2011-12-24 09:11:24
fzx2008(金币+1): 谢谢指教 2011-12-25 16:42:59
78tengfei: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-04-01 14:27:09
78tengfei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-04 08:59:11
我回答第5个问题：
你做的能带图的价带顶和导带底与文献蛮相似的，往上部分应该是empty band选择与文献不一样吧，往下，有可能是k点的选择不一样造成的；
DOS图的趋势也基本一样，但文献做DOS时，smearing值可能比你的小吧；
至于文献中Fermi level在禁带中，那是手动调整的结果，本征半导体的Fermi level位于价带顶和导带底的中间位置。
一点愚见，仅供参考
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3楼2011-12-23 21:57:22
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xiaosong2011

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by icic2012 at 2011-12-25 16:59:44:
我回答第5个问题：
你做的能带图的价带顶和导带底与文献蛮相似的，往上部分应该是empty band选择与文献不一样吧，往下，有可能是k点的选择不一样造成的；
DOS图的趋势也基本一样，但文献做DOS时，smearing值可能 ...

前辈你好！我也是做石墨烯方向的，现在做的是石墨烯纳米带的半导体性，我计算出的结果和楼主的大不相同，算出的能带曲线大都呈直线，看上去是间接带隙半导体，我想问一下是不是我的计算出错了？
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友爱互助，用爱相处。
10楼2012-02-28 09:23:32
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普通回帖

78tengfei

金虫 (小有名气)

龙潜深渊
引用回帖:
楼: Originally posted by lwg020810 at 2011-12-23 21:57:22:
我回答第5个问题：
你做的能带图的价带顶和导带底与文献蛮相似的，往上部分应该是empty band选择与文献不一样吧，往下，有可能是k点的选择不一样造成的；
DOS图的趋势也基本一样，但文献做DOS时，smearing值可能 ...

前辈，这样的，K点的话，我是按照文章设置的，empty band您能再详细说下吗？谢谢
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4楼2011-12-24 09:13:36
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lwg020810

金虫 (小有名气)
★
liliangfang(金币+1): 多谢提示 2011-12-25 16:18:47
引用回帖:
4楼: Originally posted by 78tengfei at 2011-12-24 09:13:36:
前辈，这样的，K点的话，我是按照文章设置的，empty band您能再详细说下吗？谢谢

empty band只是设置计算多少个导带，因DFT对非占据态计算都不准确，所以空带计算多少，对分析没什么影响，程序默认好像是12，按照自己的需要选择吧
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5楼2011-12-25 16:15:54
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icic2012

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢交流 2011-12-25 17:01:19
78tengfei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-01 14:27:46
78tengfei: 金币+1 2012-04-02 09:19:05
我回答第5个问题：
你做的能带图的价带顶和导带底与文献蛮相似的，往上部分应该是empty band选择与文献不一样吧，往下，有可能是k点的选择不一样造成的；
DOS图的趋势也基本一样，但文献做DOS时，smearing值可能比你的小吧；
至于文献中Fermi level在禁带中，那是手动调整的结果，本征半导体的Fermi level位于价带顶和导带底的中间位置。
一点愚见，仅供参考
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6楼2011-12-25 16:59:44
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+2): 多谢指教 2011-12-26 09:08:16
78tengfei(金币+5): ★★★很有帮助 2011-12-27 08:48:28
78tengfei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-01 14:27:57
1.不知道你这个地方的盒子指的是什么？一般来说，在算单个原子、分子、团簇并且使用平面波方法的时候，都是扩成周期性，就是一般常说的big box，这个时候box的形状和大小是不需要优化的。若是普通晶体单胞是需要勾选optimized cell进行优化的。

2.石墨烯建模，只要保证建出来是具有物理意义的石墨烯模型，都是可行的，比较通用的做法是从石墨单胞中删掉一层。然后c方向设定成所需的“真空层”。若做吸附或掺杂，ab平面也需扩展成如3*3等等。

3.DFT计算误差，一般来说，2%，仅供参考，可以多调研同领域的文献

4.基组，这儿我看称泛函跟合适点，具体用哪种要看体系或者参考文献或者分别计算比较，没有一定可靠的。只是PBE大家用的多点，但不是绝对的。

5."文章中给出的能带图和态密度图"这是石墨烯的能带图吗？我看应该不是的，单纯石墨烯应该没有gap才。

先写这么多，仅供参考，节日快乐！
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7楼2011-12-25 20:04:12
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78tengfei

金虫 (小有名气)

龙潜深渊
引用回帖:
楼: Originally posted by fzx2008 at 2011-12-25 20:04:12:
1.不知道你这个地方的盒子指的是什么？一般来说，在算单个原子、分子、团簇并且使用平面波方法的时候，都是扩成周期性，就是一般常说的big box，这个时候box的形状和大小是不需要优化的。若是普通晶体单胞是需要勾 ...

前辈您好，你的回帖对我的帮助很大哈，关于能带的问题，我算的是石墨烷的，所以出现4ev左右的gap属于正常哈，另外关于optimized cell的问题，优化过程中，能量曲线震荡很厉害，这个是否正常呢？
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8楼2011-12-26 08:56:36
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78tengfei

金虫 (小有名气)

龙潜深渊
引用回帖:
楼: Originally posted by lwg020810 at 2011-12-25 16:15:54:
empty band只是设置计算多少个导带，因DFT对非占据态计算都不准确，所以空带计算多少，对分析没什么影响，程序默认好像是12，按照自己的需要选择吧

恩，好，我再试下，谢谢哈
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9楼2011-12-26 08:59:12
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