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78tengfei金虫 (小有名气)
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dmol相关问题交流学习
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大家好，小弟初学dmol，在计算的过程中有些问题搞得不是很清楚，还希望得到各位大侠和高手的指导。 （1）：关于盒子的处理 结构优化的过程中，到底要不要点上optimized cell，点上的话能量曲线震荡很厉害，不点的话不能保证初始盒子的正确性。能量曲线到底能不能出现大幅度震荡呢？ （2）：关于模型建立问题 石墨烯建模的过程中，有“切晶面”，“删除石墨层”和“独立建胞”（建立P183的晶胞，加C原子）三种，三种模型建立后差距大不大，那一种方法更实用呢 （3）：关于结果的可信度方面，比如说键长误差在多大属于正常呢 （4）：关于基组的问题，GGA下计算，子基组该如何选择呢，网上有人建议PBE比较可靠，不知道大家如何选择 （5）能带图和dos图的画法，也是目前我最头疼的问题 首先是计算能带时所选取的路径，我是按照石墨的路径（去掉Z轴上的点）取得，但具体如何取点，是否能否再增加取点的个数，我搞得不是很清楚，请高手赐教。 此外，能带图和dos图后期在origin是如何处理的呢（ps，我相信不止一个人为这个问题头疼） 附图是我做的能带图和dos图（ms截图）与文章中的对比 能带方面：文章中提供的导带和价带差不多是对称的，而我计算的价带为什么在费米能级左右 DOS曲线方面，也感觉和文章差距很大。 我算的结果是不是正常，如果要修改的话，是参数问题，还是后期origin处理的问题，此外，能带和dos分析方面该如何分析呢，主要看哪几个参数？ 能带分析和dos分析方面，我是新手，还希望有高人指点。 （6）如何判断结构优化后的结构是否稳定 首先是能量曲线，是不是能量曲线要平缓下降不出现震荡，结果才是可信的？ 还有，很多人提到过虚频的问题，结构优化过后，到底要不要计算frequency呢？ （7）关于charge的问题 结构优化完之后，如何计算charge，使用modify charge还是要计算性质？ （8）关于reaction coordinate 以该图为例，图中的1点是怎么找到的，在dmol TSsearch里面如何实现的呢？ 初学dmol，问题较多，还请各位高手赐教，也希望和大家多多交流。  文章中给出的能带图和态密度图  小弟ms的能带截图  dos截图  反应路径 [ Last edited by 78tengfei on 2011-12-22 at 09:29 ] |
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78tengfei
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2楼2011-12-23 15:38:52
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我回答第5个问题： 你做的能带图的价带顶和导带底与文献蛮相似的，往上部分应该是empty band选择与文献不一样吧，往下，有可能是k点的选择不一样造成的； DOS图的趋势也基本一样，但文献做DOS时，smearing值可能比你的小吧； 至于文献中Fermi level在禁带中，那是手动调整的结果，本征半导体的Fermi level位于价带顶和导带底的中间位置。 一点愚见，仅供参考 |
3楼2011-12-23 21:57:22
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10楼2012-02-28 09:23:32
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我回答第5个问题： 你做的能带图的价带顶和导带底与文献蛮相似的，往上部分应该是empty band选择与文献不一样吧，往下，有可能是k点的选择不一样造成的； DOS图的趋势也基本一样，但文献做DOS时，smearing值可能比你的小吧； 至于文献中Fermi level在禁带中，那是手动调整的结果，本征半导体的Fermi level位于价带顶和导带底的中间位置。 一点愚见，仅供参考 |
6楼2011-12-25 16:59:44
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1.不知道你这个地方的盒子指的是什么？一般来说，在算单个原子、分子、团簇并且使用平面波方法的时候，都是扩成周期性，就是一般常说的big box，这个时候box的形状和大小是不需要优化的。若是普通晶体单胞是需要勾选optimized cell进行优化的。 2.石墨烯建模，只要保证建出来是具有物理意义的石墨烯模型，都是可行的，比较通用的做法是从石墨单胞中删掉一层。然后c方向设定成所需的“真空层”。若做吸附或掺杂，ab平面也需扩展成如3*3等等。 3.DFT计算误差，一般来说，2%，仅供参考，可以多调研同领域的文献 4.基组，这儿我看称泛函跟合适点，具体用哪种要看体系或者参考文献或者分别计算比较，没有一定可靠的。只是PBE大家用的多点，但不是绝对的。 5."文章中给出的能带图和态密度图"这是石墨烯的能带图吗？我看应该不是的，单纯石墨烯应该没有gap才。 先写这么多，仅供参考，节日快乐！ |
7楼2011-12-25 20:04:12
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