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phbgp

铁虫 (小有名气)

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[求助] 氢键计算

请问一个氧氟沙星分子有几个官能团和水形成H键，怎么得到这个分子和水形成H键的总键能呢？是把每一个位点和水形成的键能相加吗？用一个水分子和氧氟沙星分子做几何优化时，水分子会同时和氧氟沙星上的两个官能团形成H键，这样得到的键能就是两个键能之和，怎么分开两个H键的键能呢？

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1楼 2011-12-15 17:02:44

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phbgp

铁虫 (小有名气)

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引用回帖:

楼: Originally posted by yzwyxnb at 2011-12-16 10:31:04:
优化结构之后，人为的把某一个氢移开（两个氢键中的一个）。转动一定的方向。再算该分子的单电子能（由于不知道你体系什么样子，建议你计算该状态下，水，氧氟沙星，以及两者结合的单电子能。然后简单的相加减） ...

非常感谢你的回答，我的目的是求出氧氟沙星分子和水分子形成H键的键能总和，因为氧氟沙星上的好几个位点会和水形成H键，所以我不知道怎么计算H键的总和，是把可能形成H键的键能分别计算出来，然后相加吗？