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phbgp

铁虫 (小有名气)

[求助] 氢键计算

请问一个氧氟沙星分子有几个官能团和水形成H键，怎么得到这个分子和水形成H键的总键能呢？是把每一个位点和水形成的键能相加吗？用一个水分子和氧氟沙星分子做几何优化时，水分子会同时和氧氟沙星上的两个官能团形成H键，这样得到的键能就是两个键能之和，怎么分开两个H键的键能呢？
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1楼 2011-12-15 17:02:44
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yzwyxnb

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990(金币+2): 2011-12-16 10:41:27
优化结构之后， 人为的把某一个氢移开（两个氢键中的一个）。转动一定的方向。再算该分子的单电子能（由于不知道你体系什么样子，建议你计算该状态下，水，氧氟沙星，以及两者结合的单电子能。然后简单的相加减）。可以分别求出氢键键能。
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好好学习
2楼2011-12-16 10:31:04
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phbgp

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yzwyxnb at 2011-12-16 10:31:04:
优化结构之后， 人为的把某一个氢移开（两个氢键中的一个）。转动一定的方向。再算该分子的单电子能（由于不知道你体系什么样子，建议你计算该状态下，水，氧氟沙星，以及两者结合的单电子能。然后简单的相加减） ...

非常感谢你的回答，我的目的是求出氧氟沙星分子和水分子形成H键的键能总和，因为氧氟沙星上的好几个位点会和水形成H键，所以我不知道怎么计算H键的总和，是把可能形成H键的键能分别计算出来，然后相加吗？
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3楼2011-12-20 15:47:06
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yzwyxnb

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小红豆(金币+3): 谢谢 2011-12-21 21:40:01
这个 我就不确定了， 你应该只能算一个结构求出氢键键能吧。我觉得非要算氢键只能算一个最稳定结构的氢键
你把所有可能的构型优化 算出来的氢键 完全没有化学意义啊
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好好学习
4楼2011-12-21 15:12:04
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