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分享一篇用namd2做模拟来解释二甲基化的文章
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大家好！ 这篇文章结合hole和namd2做的一篇文章，通过孔道来论证SET9是如何二甲基化的底物分子的，并与JBC上的一篇文章的实验结论吻合。 下载地址：http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0019856 摘要： SET9, a protein lysine methyltransferase, has been thought to be capable of transferring only one methyl group to target lysine residues. However, some reports have pointed out that SET9 can dimethylate Lys372 of p53 (p53-K372) and Lys4 of histone H3 (H3-K4). In order to understand how p53 can be dimethylated by SET9, we measured the radius of the channel that surrounds p53-K372, first on the basis of the crystal structure of SET9, and we show that the channel is not suitable for water movement. Second, molecular dynamic (MD) simulations were carried out for 204 ns on the crystal structure of SET9. The results show that water leaves the active site of SET9 through a new channel, which is made of G292, A295, Y305 and Y335. In addition, the results of molecular docking and MD simulations indicate that the new water channel continues to remain open when S-adenosyl-L-methionine (AdoMet) or S-adenosyl-L-homocysteine (AdoHcy) is bound to SET9. The changes in the radii of these two channels were measured in the equilibrium phase at the constant temperature of 300 K. The results indicate that the first channel still does not allow water to get into or out of the active site, but the new channel is large enough to allow this water to circulate. Our results indicate that water can be removed from the active site, an essential process for allowing the dimethylation reaction to occur.[ Last edited by JPPF on 2011-12-14 at 19:05 ] |
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- 附件 2 : SET9_experiment.pdf
2011-12-14 18:59:15, 1.69 M
2011-12-14 18:59:22, 2.42 M
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