| 查看: 574 | 回复: 0 | ||
wangdading铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
Siesta 优化石英表面不收敛 求帮助
|
|
我现在在计算石英表面的优化。把不饱和键用H终止，然后固定最下面两层原子。但是发现100步了还不收敛，然后我现在也不大清楚是初始结构的问题还是我的fdf参数设置问题。还有就是现在不知道目前的不收敛是不是我设置的步数太少的原因呢。怎么看out文件能知道有没有必要增加步数来确保收敛呢。是看力呢还是能量呢？ 下面是我的fdf文件。 SystemName quartz-010 SystemLabel quartz-010 # General parameters #UseSaveData yes # SCF parameters Meshcutoff 150. Ry MaxSCFIterations 200 #ElectronicTemperature 300.0 K # increases this for difficult cases #OccupationFunction FD # changing to MP may be helpful for difficult cases #OccupationMPOrder 4 # effective only for OccupationFunction=MP DM.NumberPulay 6 DM.MixingWeight 0.10 # reduce this number for difficcult cases, but not too small # relaxation paramters MD.NumCGsteps 100 # the number of steps for structural optimization MD.TypeOfRun cg # Density Functional XC.functional LDA XC.authors CA # Basis set parameters PAO.BasisType split PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 50 meV # Output options #SaveElectrostaticPotential yes # needed for workfunction #SaveDeltaRho yes # total density minus overlapped atomic density WriteCoorXmol yes # write molecular structure in the SystemLabel.xyz # SIESTA fdf file generated by f_Write_Struct_siesta @ siesta.py # structural information NumberOfAtoms 200 NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 8 O 2 1 H 3 14 Si %endblock ChemicalSpeciesLabel #Lattice,coordinates,k-sampling LatticeConstant 27.011587 Ang %block LatticeVectors 1.000000 0.000000 0.000000 -0.000000 0.181785 0.000000 -0.000000 -0.000000 1.716775 %endblock LatticeVectors %block kgrid_Monkhorst_Pack 1 0 0 0.0 0 1 0 0.0 0 0 13 0.0 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack AtomicCoordinatesFormat ScaledCartesian %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.176700 0.061716 0.000000 1 # O 1 0.376700 0.061716 0.000000 1 # O 2 0.576700 0.061716 0.000000 1 # O 3 0.776700 0.061716 0.000000 1 # O 4 0.976700 0.061716 0.000000 1 # O 5 0.510030 0.130452 0.017992 1 # O 6 0.310030 0.130452 0.017992 1 # O 7 0.710030 0.130452 0.017992 1 # O 8 0.110030 0.130452 0.017992 1 # O 9 0.910030 0.130452 0.017992 1 # O 10 0.146160 0.126671 0.037203 2 # H 11 0.346160 0.126671 0.037203 2 # H 12 0.546160 0.126671 0.037203 2 # H 13 0.746160 0.126671 0.037203 2 # H 14 0.946160 0.126671 0.037203 2 # H 15 0.423300 0.171401 0.041632 1 # O 16 0.023300 0.171401 0.041632 1 # O 17 0.823300 0.171401 0.041632 1 # O 18 0.223300 0.171401 0.041632 1 # O 19 0.623300 0.171401 0.041632 1 # O 20 0.600000 0.043699 0.052053 3 # Si 21 0.200000 0.043699 0.052053 3 # Si 22 -0.000000 0.043699 0.052053 3 # Si 23 0.400000 0.043699 0.052053 3 # Si 24 0.800000 0.043699 0.052053 3 # Si 25 0.266670 0.134591 0.058096 3 # Si 26 0.466670 0.134591 0.058096 3 # Si 27 0.066670 0.134591 0.058096 3 # Si 28 0.666670 0.134591 0.058096 3 # Si 29 0.866670 0.134591 0.058096 3 # Si 30 0.443370 0.080509 0.068517 1 # O 31 0.843370 0.080509 0.068517 1 # O 32 0.243370 0.080509 0.068517 1 # O 33 0.043370 0.080509 0.068517 1 # O 34 0.643370 0.080509 0.068517 1 # O 35 0.556630 0.039560 0.092156 1 # O 36 0.756630 0.039560 0.092156 1 # O 37 0.156630 0.039560 0.092156 1 # O 38 0.356630 0.039560 0.092156 1 # O 39 0.956630 0.039560 0.092156 1 # O 40 0.689970 0.152608 0.110148 1 # O 41 0.089970 0.152608 0.110148 1 # O 42 0.489970 0.152608 0.110148 1 # O 43 0.289970 0.152608 0.110148 1 # O 44 0.889970 0.152608 0.110148 1 # O 45 0.133330 0.003494 0.133788 3 # Si 46 0.333330 0.003494 0.133788 3 # Si 47 0.733330 0.003494 0.133788 3 # Si 48 0.933330 0.003494 0.133788 3 # Si 49 0.533330 0.003494 0.133788 3 # Si 50 0.176700 0.152608 0.157428 1 # O 51 0.576700 0.152608 0.157428 1 # O 52 0.776700 0.152608 0.157428 1 # O 53 0.376700 0.152608 0.157428 1 # O 54 0.976700 0.152608 0.157428 1 # O 55 0.510030 0.039560 0.175420 1 # O 56 0.910030 0.039560 0.175420 1 # O 57 0.110030 0.039560 0.175420 1 # O 58 0.710030 0.039560 0.175420 1 # O 59 0.310030 0.039560 0.175420 1 # O 60 0.623300 0.080509 0.199060 1 # O 61 0.423300 0.080509 0.199060 1 # O 62 0.223300 0.080509 0.199060 1 # O 63 0.023300 0.080509 0.199060 1 # O 64 0.823300 0.080509 0.199060 1 # O 65 0.400000 0.134591 0.209481 3 # Si 66 0.600000 0.134591 0.209481 3 # Si 67 0.800000 0.134591 0.209481 3 # Si 68 -0.000000 0.134591 0.209481 3 # Si 69 0.200000 0.134591 0.209481 3 # Si 70 0.466670 0.043699 0.215524 3 # Si 71 0.266670 0.043699 0.215524 3 # Si 72 0.666670 0.043699 0.215524 3 # Si 73 0.066670 0.043699 0.215524 3 # Si 74 0.866670 0.043699 0.215524 3 # Si 75 0.443370 0.171401 0.225945 1 # O 76 0.043370 0.171401 0.225945 1 # O 77 0.843370 0.171401 0.225945 1 # O 78 0.243370 0.171401 0.225945 1 # O 79 0.643370 0.171401 0.225945 1 # O 80 0.156630 0.130452 0.249585 1 # O 81 0.556630 0.130452 0.249585 1 # O 82 0.956630 0.130452 0.249585 1 # O 83 0.756630 0.130452 0.249585 1 # O 84 0.356630 0.130452 0.249585 1 # O 85 0.489970 0.061716 0.267577 1 # O 86 0.089970 0.061716 0.267577 1 # O 87 0.689970 0.061716 0.267577 1 # O 88 0.889970 0.061716 0.267577 1 # O 89 0.289970 0.061716 0.267577 1 # O 90 0.733330 0.094386 0.291217 3 # Si 91 0.533330 0.094386 0.291217 3 # Si 92 0.933330 0.094386 0.291217 3 # Si 93 0.333330 0.094386 0.291217 3 # Si 94 0.133330 0.094386 0.291217 3 # Si 95 0.576700 0.061716 0.314857 1 # O 96 0.776700 0.061716 0.314857 1 # O 97 0.176700 0.061716 0.314857 1 # O 98 0.376700 0.061716 0.314857 1 # O 99 0.976700 0.061716 0.314857 1 # O 100 0.110030 0.130452 0.332848 1 # O 101 0.510030 0.130452 0.332848 1 # O 102 0.310030 0.130452 0.332848 1 # O 103 0.910030 0.130452 0.332848 1 # O 104 0.710030 0.130452 0.332848 1 # O 105 0.623300 0.171401 0.356488 1 # O 106 0.823300 0.171401 0.356488 1 # O 107 0.423300 0.171401 0.356488 1 # O 108 0.023300 0.171401 0.356488 1 # O 109 0.223300 0.171401 0.356488 1 # O 110 0.800000 0.043699 0.366909 3 # Si 111 -0.000000 0.043699 0.366909 3 # Si 112 0.400000 0.043699 0.366909 3 # Si 113 0.600000 0.043699 0.366909 3 # Si 114 0.200000 0.043699 0.366909 3 # Si 115 0.066670 0.134591 0.372952 3 # Si 116 0.666670 0.134591 0.372952 3 # Si 117 0.266670 0.134591 0.372952 3 # Si 118 0.466670 0.134591 0.372952 3 # Si 119 0.866670 0.134591 0.372952 3 # Si 120 0.443370 0.080509 0.383373 1 # O 121 0.243370 0.080509 0.383373 1 # O 122 0.043370 0.080509 0.383373 1 # O 123 0.843370 0.080509 0.383373 1 # O 124 0.643370 0.080509 0.383373 1 # O 125 0.956630 0.039560 0.407013 1 # O 126 0.156630 0.039560 0.407013 1 # O 127 0.356630 0.039560 0.407013 1 # O 128 0.556630 0.039560 0.407013 1 # O 129 0.756630 0.039560 0.407013 1 # O 130 0.689970 0.152608 0.425005 1 # O 131 0.089970 0.152608 0.425005 1 # O 132 0.889970 0.152608 0.425005 1 # O 133 0.489970 0.152608 0.425005 1 # O 134 0.289970 0.152608 0.425005 1 # O 135 0.133330 0.003494 0.448645 3 # Si 136 0.933330 0.003494 0.448645 3 # Si 137 0.333330 0.003494 0.448645 3 # Si 138 0.733330 0.003494 0.448645 3 # Si 139 0.533330 0.003494 0.448645 3 # Si 140 0.776700 0.152608 0.472285 1 # O 141 0.376700 0.152608 0.472285 1 # O 142 0.176700 0.152608 0.472285 1 # O 143 0.576700 0.152608 0.472285 1 # O 144 0.976700 0.152608 0.472285 1 # O 145 0.910030 0.039560 0.490277 1 # O 146 0.310030 0.039560 0.490277 1 # O 147 0.510030 0.039560 0.490277 1 # O 148 0.110030 0.039560 0.490277 1 # O 149 0.710030 0.039560 0.490277 1 # O 150 0.023300 0.080509 0.513917 1 # O 151 0.623300 0.080509 0.513917 1 # O 152 0.423300 0.080509 0.513917 1 # O 153 0.823300 0.080509 0.513917 1 # O 154 0.223300 0.080509 0.513917 1 # O 155 0.600000 0.134591 0.524338 3 # Si 156 -0.000000 0.134591 0.524338 3 # Si 157 0.200000 0.134591 0.524338 3 # Si 158 0.800000 0.134591 0.524338 3 # Si 159 0.400000 0.134591 0.524338 3 # Si 160 0.666670 0.043699 0.530381 3 # Si 161 0.066670 0.043699 0.530381 3 # Si 162 0.466670 0.043699 0.530381 3 # Si 163 0.266670 0.043699 0.530381 3 # Si 164 0.866670 0.043699 0.530381 3 # Si 165 0.443370 0.171401 0.540801 1 # O 166 0.043370 0.171401 0.540801 1 # O 167 0.243370 0.171401 0.540801 1 # O 168 0.643370 0.171401 0.540801 1 # O 169 0.843370 0.171401 0.540801 1 # O 170 0.556630 0.130452 0.564459 1 # O 171 0.756630 0.130452 0.564459 1 # O 172 0.356630 0.130452 0.564459 1 # O 173 0.956630 0.130452 0.564459 1 # O 174 0.156630 0.130452 0.564459 1 # O 175 0.489970 0.061716 0.582433 1 # O 176 0.889970 0.061716 0.582433 1 # O 177 0.089970 0.061716 0.582433 1 # O 178 0.689970 0.061716 0.582433 1 # O 179 0.289970 0.061716 0.582433 1 # O 180 0.933330 0.094386 0.606073 3 # Si 181 0.733330 0.094386 0.606073 3 # Si 182 0.533330 0.094386 0.606073 3 # Si 183 0.333330 0.094386 0.606073 3 # Si 184 0.133330 0.094386 0.606073 3 # Si 185 0.574000 0.059894 0.626262 2 # H 186 0.374000 0.059894 0.626262 2 # H 187 0.774000 0.059894 0.626262 2 # H 188 0.174000 0.059894 0.626262 2 # H 189 0.974000 0.059894 0.626262 2 # H 190 0.712270 0.125817 0.648735 2 # H 191 0.512270 0.125817 0.648735 2 # H 192 0.112270 0.125817 0.648735 2 # H 193 0.912270 0.125817 0.648735 2 # H 194 0.312270 0.125817 0.648735 2 # H 195 0.576490 0.030318 1.690268 2 # H 196 0.976490 0.030318 1.690268 2 # H 197 0.776490 0.030318 1.690268 2 # H 198 0.376490 0.030318 1.690268 2 # H 199 0.176490 0.030318 1.690268 2 # H 200 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies %block GeometryConstraints position from 1 to 50 position from 196 to 200 %endblock GeometryConstraints |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有21人回复
-
不自信的我
已经有5人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
求助：vasp结构优化不能收敛
已经有18人回复
- vasp计算：优化能收敛，但同样的设置静态计算不收敛
已经有3人回复
- Gaussian 溶剂化效应 优化不收敛，大家常用什么办法解决？
已经有7人回复
- siesta 表面吸附
已经有4人回复
- siesta 表面不收敛
已经有3人回复
- SIESTA几何优化不收敛是不是就说明了这个结构是不稳定的?
已经有4人回复
- 【求助】结构优化不收敛
已经有9人回复
- SIESTA scf不收敛，怎么办？
已经有5人回复
- 【求助】siesta中transiesta模块的收敛标准是啥~~
已经有20人回复
- 【求助】siesta中transiesta模块的收敛问题
已经有13人回复
- 【求助】siesta中关于几何结构优化的问题【完结】
已经有17人回复
- 【求助】ATK优化计算不收敛怎么办
已经有15人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人