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kvvvk666888

铁杆木虫 (正式写手)

emuch首席科学家、木虫学者

[交流] 跪求几道分子题,有金币赠(10个),学分子的

1 如果有一PCR产物,如何克隆并鉴定分析之?
2 加入从植物中克隆到一功能未知基因的cDNA序列,试设计一实验证明该基因的生物学功能。
3 已知一段长度为 1.5Kb的cDNA序列和与之对应的长度为2.5Kb的基因组序列。如何对上述两个序列进行分析并确定该cDNA的编码区?同时设计一实验证明该cDNA是全长cDNA序列。

[ Last edited by kvvvk666888 on 2007-1-18 at 15:47 ]
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googleuc

★ ★
asr(金币+2):谢谢,辛苦了!:D
1 如果有一PCR产物,如何克隆并鉴定分析之?

1. Direct clone into TA vector, then sequence it.
for TA vector
http://www.invitrogen.com/content/sfs/manuals/topota_man.pdf

2 加入从植物中克隆到一功能未知基因的cDNA序列,试设计一实验证明该基因的生物学功能。

2.  Southern blot and in situ hybridization show the genomic location, northern blot explores the expression pattern, GST or his tag express the protein in vitro -- to obtain protein for biochemical characterization. Protein function could also be predicated by homology search, such as blast   for blast:
http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au/BLAST/

3 已知一段长度为 1.5Kb的cDNA序列和与之对应的长度为2.5Kb的基因组序列。如 ...

3. By sequence comparison figure out the intron and exon structure, then northern blot to see the expressed gene's length, then 5RACE or 3 RACE. Blast search or protomor, ployA site identification from genomic sequence would be helpful too.

for 5RACE
http://www.nature.com/nmeth/journal/v2/n8/abs/nmeth0805-629.html
for 3 RACE
http://www.cmhd.ca/protocols/genetrap_pdf/3'RACE.pdf
http://biowww.net/detail-329.html
引用回帖:
Originally posted by kvvvk666888 at 2007-1-18 03:16 PM:
1 如果有一PCR产物,如何克隆并鉴定分析之?
2 加入从植物中克隆到一功能未知基因的cDNA序列,试设计一实验证明该基因的生物学功能。
3 已知一段长度为 1.5Kb的cDNA序列和与之对应的长度为2.5Kb的基因组序列。如 ...

[ Last edited by googleuc on 2007-1-20 at 12:41 ]
5楼2007-01-20 12:31:56
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分子进化

铁杆木虫 (著名写手)

我太忙了,简要回答一下1:
通过T4连接酶连到载体上(如T-EASY VECTOR),再转化到大肠杆菌中,摇菌,
有二种鉴定方法1)用扩增的引物再做一次菌落PCR或菌液PCR,电泳检测阳性片段(;2)提取质粒DNA后用限制性内切酶把目的片段切下来,如T-EASY VECTOR的重组子可用EcoRI酶切,再电泳检测.
对于阳性克隆可以测序,对序列再进行进一步的分析.
为生存而奋斗
2楼2007-01-18 19:24:29
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分子进化

铁杆木虫 (著名写手)

金币就免赠了,小木虫网站本来就是一个学术交流及学习的场所.
为生存而奋斗
3楼2007-01-18 19:26:45
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分子进化

铁杆木虫 (著名写手)


asr(金币+1):谢谢!:D
少写了关键步骤: 再转化到大肠杆菌中, 涂平板, 37度倒置培养, 通过蓝白斑筛选法挑取白斑, 摇菌,
为生存而奋斗
4楼2007-01-18 19:33:11
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