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nestzhao

木虫 (小有名气)

[求助] 测序结果发现,在引物位置多了一位碱基,是什么原因引起的?

今天收到测序结果,发现在我的目标片段的引物的位置,多了一位碱基。不知道是什么原因引起的??是测序引起的问题,还是引物本身就有问题??遇到这种情况该怎么处理呢?请各位指教啊!

测序是克隆后去测序的,直接送的是菌液,测序引物用的是通用引物
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给力2011
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wx1119

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 鼓励应助 2011-12-13 18:29:37
比对的结果没什么影响,我的样品室长度为1200,之前在华大测的,后来在宝生物测,两个结果在ncbi上比对的结果一样。我的一个建议,你可以再考虑一下。
12楼2011-12-13 00:26:41
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匿名

用户注销 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
nestzhao(金币+1): 2011-12-11 22:26:02
本帖仅楼主可见
2楼2011-12-11 22:21:57
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nestzhao

木虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by mengfei8336 at 2011-12-11 22:21:57:
不明白你的具体意思,如果多出来的碱基是在目的基因外的,那就无妨。你的目的基因多大?有时DNA过长的话在两端会出现一些错误,是正常的。

我这个多出来的碱基是在片段内的,我觉得这个片段大小应该不是问题,我测序是测了多个反应的,然后再拼接的。这个多出来的碱基位于下游引物的位置的中间。测序是双向测通的。
给力2011
3楼2011-12-11 22:25:54
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panda73

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
nestzhao(金币+3): 2011-12-11 23:12:40
西瓜: 回帖置顶 2011-12-12 17:24:16
西瓜(金币+2): Good!除去引物的问题,PCR本身也有一定的概率会出错,所以克隆时尽量用高保真酶。一般就如panda73所言,多挑几个克隆去测序就好。 2011-12-12 17:29:35
利用PCR进行基因扩增和克隆时,经常出现在引物区的突变,原因主要是引物合成质量不高(缺失或插入),多挑几个阳性克隆进行测序,就好了
4楼2011-12-11 22:51:14
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