24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2281  |  回复: 12

li_jinchun

金虫 (小有名气)

[求助] MS中Gulp模块下原子如何固定

目前,通过MS中Gulp软件模拟界面问题。为了使计算简单,想把界面一侧的原子固定。所以在modifity中的constraints中勾上了Fix Cartesian position 和Fix fractional postion,但是所固定的原子的坐标仍然变化,而且变化较大。
请问这是什么原因,如何解决这一问题,谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-09 10:49:41
x,y,z前面勾了没有啊?只勾选笛卡尔坐标就可以了吧?
哈哈哈哈
2楼2011-12-08 15:14:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2011-12-08 15:14:36:
x,y,z前面勾了没有啊?只勾选笛卡尔坐标就可以了吧?

如果只勾了Cartesian x y z的话,原子仍会移动,而且移动较大,有时原子直接就散了。
3楼2011-12-09 09:55:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小虫_sang

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by li_jinchun at 2011-12-09 09:55:54
如果只勾了Cartesian x y z的话,原子仍会移动,而且移动较大,有时原子直接就散了。...

同求此问题,楼主解决了吗?
4楼2014-10-14 22:53:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-10-14 22:53:45
同求此问题,楼主解决了吗?...

没有,我使用了linux下的:Gulp,就解决了

[ 发自小木虫客户端 ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2014-10-15 18:14:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liwl926

金虫 (正式写手)


送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by li_jinchun at 2014-10-15 18:14:32
没有,我使用了linux下的:Gulp,就解决了
...

linux 下,gulp优化分子晶体,如何使分子保持刚性呢?
6楼2015-09-25 15:58:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liwl926 at 2015-09-25 15:58:34
linux 下,gulp优化分子晶体,如何使分子保持刚性呢?...

模型只包含一个分子还是多个分子,只有一个就固定原子坐标。如果是多个分子,就得看情况而定,gulp没有那么智能。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2015-09-27 14:45:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liwl926

金虫 (正式写手)


送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by li_jinchun at 2015-09-27 14:45:42
模型只包含一个分子还是多个分子,只有一个就固定原子坐标。如果是多个分子,就得看情况而定,gulp没有那么智能。...

刚刚接触GULP,一般分子晶体单胞内都会有多个分子,是否可以放开分子内的某一个原子,然后其他原子按内坐标与其相连并固定。如何操作呢?可否给个例子,多谢了!
8楼2015-09-28 11:16:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

我不太清楚“相连并固定”是为了什么,但是这种比较难实现,如果一定要这样算,我建议用简单的分子动力学程序去算。或者gulp中你可以把势修改。或者把原子标记改变,就是只考虑分子之间相互作用,不考虑分子内部相互作用。

发自小木虫Android客户端
9楼2015-10-07 15:02:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by liwl926 at 2015-09-28 11:16:53
刚刚接触GULP,一般分子晶体单胞内都会有多个分子,是否可以放开分子内的某一个原子,然后其他原子按内坐标与其相连并固定。如何操作呢?可否给个例子,多谢了!...

我不太清楚“相连并固定”是为了什么,但是这种比较难实现,如果一定要这样算,我建议用简单的分子动力学程序去算。或者gulp中你可以把势修改。或者把原子标记改变,就是只考虑分子之间相互作用,不考虑分子内部相互作用。

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

10楼2015-10-07 15:03:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 li_jinchun 的主题更新
信息提示
请填处理意见