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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » ME/Gulp » MS中Gulp模块下原子如何固定
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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li_jinchun

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] MS中Gulp模块下原子如何固定

目前，通过MS中Gulp软件模拟界面问题。为了使计算简单，想把界面一侧的原子固定。所以在modifity中的constraints中勾上了Fix Cartesian position 和Fix fractional postion，但是所固定的原子的坐标仍然变化，而且变化较大。
请问这是什么原因，如何解决这一问题，谢谢！
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1楼 2011-12-07 22:43:00
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andong1988

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★
chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-09 10:49:41
x,y,z前面勾了没有啊？只勾选笛卡尔坐标就可以了吧？
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哈哈哈哈
2楼2011-12-08 15:14:36
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li_jinchun

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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2楼: Originally posted by andong1988 at 2011-12-08 15:14:36:
x,y,z前面勾了没有啊？只勾选笛卡尔坐标就可以了吧？

如果只勾了Cartesian x y z的话，原子仍会移动，而且移动较大，有时原子直接就散了。
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3楼2011-12-09 09:55:54
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小虫_sang

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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3楼: Originally posted by li_jinchun at 2011-12-09 09:55:54
如果只勾了Cartesian x y z的话，原子仍会移动，而且移动较大，有时原子直接就散了。...

同求此问题，楼主解决了吗？
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4楼2014-10-14 22:53:45
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li_jinchun

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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4楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-10-14 22:53:45
同求此问题，楼主解决了吗？...

没有，我使用了linux下的:Gulp,就解决了

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liwl926
5楼2014-10-15 18:14:32
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liwl926

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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5楼: Originally posted by li_jinchun at 2014-10-15 18:14:32
没有，我使用了linux下的:Gulp,就解决了
...

linux 下，gulp优化分子晶体，如何使分子保持刚性呢？
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6楼2015-09-25 15:58:34
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li_jinchun

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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6楼: Originally posted by liwl926 at 2015-09-25 15:58:34
linux 下，gulp优化分子晶体，如何使分子保持刚性呢？...

模型只包含一个分子还是多个分子，只有一个就固定原子坐标。如果是多个分子，就得看情况而定，gulp没有那么智能。
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liwl926
7楼2015-09-27 14:45:42
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liwl926

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
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7楼: Originally posted by li_jinchun at 2015-09-27 14:45:42
模型只包含一个分子还是多个分子，只有一个就固定原子坐标。如果是多个分子，就得看情况而定，gulp没有那么智能。...

刚刚接触GULP，一般分子晶体单胞内都会有多个分子，是否可以放开分子内的某一个原子，然后其他原子按内坐标与其相连并固定。如何操作呢？可否给个例子，多谢了！
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8楼2015-09-28 11:16:53
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li_jinchun

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
我不太清楚“相连并固定”是为了什么，但是这种比较难实现，如果一定要这样算，我建议用简单的分子动力学程序去算。或者gulp中你可以把势修改。或者把原子标记改变，就是只考虑分子之间相互作用，不考虑分子内部相互作用。

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9楼2015-10-07 15:02:30
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li_jinchun

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
8楼: Originally posted by liwl926 at 2015-09-28 11:16:53
刚刚接触GULP，一般分子晶体单胞内都会有多个分子，是否可以放开分子内的某一个原子，然后其他原子按内坐标与其相连并固定。如何操作呢？可否给个例子，多谢了！...

我不太清楚“相连并固定”是为了什么，但是这种比较难实现，如果一定要这样算，我建议用简单的分子动力学程序去算。或者gulp中你可以把势修改。或者把原子标记改变，就是只考虑分子之间相互作用，不考虑分子内部相互作用。

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liwl926
10楼2015-10-07 15:03:02
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