24小时热门版块排行榜    

查看: 2712  |  回复: 12

li_jinchun

金虫 (小有名气)

[求助] MS中Gulp模块下原子如何固定

目前,通过MS中Gulp软件模拟界面问题。为了使计算简单,想把界面一侧的原子固定。所以在modifity中的constraints中勾上了Fix Cartesian position 和Fix fractional postion,但是所固定的原子的坐标仍然变化,而且变化较大。
请问这是什么原因,如何解决这一问题,谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm(金币+1): 谢谢 2011-12-09 10:49:41
x,y,z前面勾了没有啊?只勾选笛卡尔坐标就可以了吧?
哈哈哈哈
2楼2011-12-08 15:14:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2011-12-08 15:14:36:
x,y,z前面勾了没有啊?只勾选笛卡尔坐标就可以了吧?

如果只勾了Cartesian x y z的话,原子仍会移动,而且移动较大,有时原子直接就散了。
3楼2011-12-09 09:55:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小虫_sang

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by li_jinchun at 2011-12-09 09:55:54
如果只勾了Cartesian x y z的话,原子仍会移动,而且移动较大,有时原子直接就散了。...

同求此问题,楼主解决了吗?
4楼2014-10-14 22:53:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-10-14 22:53:45
同求此问题,楼主解决了吗?...

没有,我使用了linux下的:Gulp,就解决了

[ 发自小木虫客户端 ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2014-10-15 18:14:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liwl926

金虫 (正式写手)


送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by li_jinchun at 2014-10-15 18:14:32
没有,我使用了linux下的:Gulp,就解决了
...

linux 下,gulp优化分子晶体,如何使分子保持刚性呢?
6楼2015-09-25 15:58:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liwl926 at 2015-09-25 15:58:34
linux 下,gulp优化分子晶体,如何使分子保持刚性呢?...

模型只包含一个分子还是多个分子,只有一个就固定原子坐标。如果是多个分子,就得看情况而定,gulp没有那么智能。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2015-09-27 14:45:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liwl926

金虫 (正式写手)


送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by li_jinchun at 2015-09-27 14:45:42
模型只包含一个分子还是多个分子,只有一个就固定原子坐标。如果是多个分子,就得看情况而定,gulp没有那么智能。...

刚刚接触GULP,一般分子晶体单胞内都会有多个分子,是否可以放开分子内的某一个原子,然后其他原子按内坐标与其相连并固定。如何操作呢?可否给个例子,多谢了!
8楼2015-09-28 11:16:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

我不太清楚“相连并固定”是为了什么,但是这种比较难实现,如果一定要这样算,我建议用简单的分子动力学程序去算。或者gulp中你可以把势修改。或者把原子标记改变,就是只考虑分子之间相互作用,不考虑分子内部相互作用。

发自小木虫Android客户端
9楼2015-10-07 15:02:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

li_jinchun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by liwl926 at 2015-09-28 11:16:53
刚刚接触GULP,一般分子晶体单胞内都会有多个分子,是否可以放开分子内的某一个原子,然后其他原子按内坐标与其相连并固定。如何操作呢?可否给个例子,多谢了!...

我不太清楚“相连并固定”是为了什么,但是这种比较难实现,如果一定要这样算,我建议用简单的分子动力学程序去算。或者gulp中你可以把势修改。或者把原子标记改变,就是只考虑分子之间相互作用,不考虑分子内部相互作用。

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

10楼2015-10-07 15:03:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 li_jinchun 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-30 22:24 by xiangy672
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见