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秋雨子

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1578.8
散金: 13
帖子: 163
在线: 78.2小时
虫号: 1027042
注册: 2010-05-24
专业: 理论环境化学

[求助] homo和lumo批量提取的脚本

最近在弄一批分子，一万个左右，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！

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To the time to life, rather than to life in time

1楼 2011-12-05 22:47:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

mchen10

金虫 (正式写手)

应助: 13 (小学生)
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在线: 159.5小时
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注册: 2009-02-04
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

引用回帖:

18楼: Originally posted by asaka at 2011-12-09 20:33:17:
以上作者只考虑闭壳层计算的情况，你有开壳层的计算吗？那时候你需要总的HOMO,LUMO还是分别alpha以及beta的HOMO和LUMO?
他们的程序都只有一点小问题，相信LZ可以搞定。
mchen10 的程序少了一个 |，多了一个奇怪 ...

CODE:

#!/bin/bash

# print homo lumo energy of gaussian output

# usage: print_homo_lumo filename(s)

for file in "$@"

do

echo $file

tac $file | tr "\n" "@" | egrep -o "@ Alpha virt\. eigenvalues.{0,75}@ Alpha  occ\. eigenvalues.{0,75}@ Alpha  occ\. eigenvalues" | tr "@" "\n" | head -n3 | awk '{if ($2 == "virt.") print $1" LUMO "$5; if($2 == "occ."){i=NF; print $1" HOMO "$i} }'

done

抱歉，tio2.rev是测试产物去掉就好了（留着也不影响）
至于开壳闭壳的问题，我们给个思路楼主如果什么都让别人来搞定就算程序可以用真正的收益也就那么一点点