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秋雨子

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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帖子: 163
在线: 78.2小时
虫号: 1027042
注册: 2010-05-24
专业: 理论环境化学

[求助] homo和lumo批量提取的脚本

最近在弄一批分子，一万个左右，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！

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To the time to life, rather than to life in time

1楼 2011-12-05 22:47:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

mchen10

金虫 (正式写手)

应助: 13 (小学生)
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在线: 159.5小时
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性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-12-11 20:12:00
秋雨子(金币+10): 非常感谢！谢谢交流！我试了下输出的只有文件名字，没有homo，lumo能量，还是我太笨，再仔细研究下！仍然感谢！ 2011-12-11 20:32:30

我来段bash吧献拙了

CODE:

#!/bin/bash

# print homo lumo energy of gaussian output

# usage: print_homo_lumo filename(s)

for file in "$@"

do

 echo $file

 tac $file | tr "\n" "@" | egrep -o "@ Alpha virt\. eigenvalues.{0,75}@ Alpha  occ\. eigenvalues.{0,75}@ Alpha  occ\. eigenvalues" tio2.rev| tr "@" "\n" | head -n3 | awk '{if ($2 == "virt.") print $1" LUMO "$5; if($2 == "occ."){i=NF; print $1" HOMO "$i} }'

done