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秋雨子

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 1027042
注册: 2010-05-24
专业: 理论环境化学

[求助] homo和lumo批量提取的脚本

最近在弄一批分子，一万个左右，想提取其中的homo和lumo能量值，但是发现很难实现，因为才接触脚本半年，还是自学的，所以搞不定了，有哪位大侠给个小脚本？我只会一点shell，提取个Energy还行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不胜感激！

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To the time to life, rather than to life in time

1楼 2011-12-05 22:47:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

asaka

银虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 1369381
注册: 2011-08-16
专业: 理论和计算化学

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-12-11 20:11:34

shell版实在是太慢，既然要用到python，那就纯python吧，速度快多了。

CODE:

#!/usr/bin/env python

import sys

block='Population'

eigen='eigenvalues'

occst='occ'

virst='vir'

sepst='--'

for filename in sys.argv[1:] :

  f=open(filename,'r')

  txt=f.read().splitlines()

  f.close()

  for line in txt :

    if line.find(block) > -1 or line.find(eigen) > -1 :

      if line.find(block) > -1 :

        eocc=[]

        evir=[]

      elif line.find(occst) > -1 :

        data=line.split(sepst)[1]

        eocc=eocc+[float(i) for i in data.split()]

      elif line.find(virst) > -1 :

        data=line.split(sepst)[1]

        evir=evir+[float(i) for i in data.split()]

  print "File :",filename

  if len(eocc) > 0 : print "  HOMO :",max(eocc)

  if len(evir) > 0 : print "  LUMO :",min(evir)