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heapyssb木虫 (著名写手)
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[求助]
PSI-BLAST怎样输出蛋白序列的PSSM打分矩阵
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最近在研究PSSM方面的问题，新手入门，很多东西都不明白，还希望精通这方面的学者给予帮助啊。先谢谢大家了。 我在网上也找了很多相关的资料，但基本上啊是没找到我想要的。 很多人用blastpgp能得到这个pssm的打分举证，但是我在ncbi上下载本地版的blast安装后，在bin文件夹里面没有找到这个blastpgp课执行文件啊（blast版本为blast-2.2.25+） 很多文献报道PSI-BLAST得到profile（我不知道这个单词怎么翻译跟准确），那个这个profile和pssm有联系吗？ 可能是我对pssm具体是指什么还不是很明白，希望能有人帮下我，具体的说明下跟怎样使用现在这个版本的blast得到被测序列的pssm值。 |
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13楼2016-03-18 10:19:34
heapyssb(金币+2): 2011-12-02 18:53:57
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2楼2011-12-02 17:36:30
heapyssb
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
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- 红花: 28
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- 虫号: 972530
- 注册: 2010-03-16
- 专业: 生物信息学
3楼2011-12-02 18:52:36
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amisking(金币+1): 鼓励发帖交流。 2011-12-02 19:47:22
heapyssb(金币+2): 2011-12-02 20:19:52
amisking(金币+1): 鼓励发帖交流。 2011-12-02 19:47:22
heapyssb(金币+2): 2011-12-02 20:19:52
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4楼2011-12-02 19:11:07